sobereva 发表于 2015-3-13 12:56
跨节点、MPI方式编译我没试过

mpi 和socket 都是可以支持跨节点的。
只是需要注意的是并行环境，如果是千兆网，节点间的并行效果不太好。不要超过4节点吧。

huanyizhen 发表于 2015-6-19 12:28
sob老师，我遇到的情况和楼主图片中的情况一样，top后，每项显示都差不多。我用1核来计算时，cpu利用率升 ...

你看看是否正在大量读写硬盘。
可以看硬盘灯是否在闪，也可以用vmstat 3 -S M命令，每3秒采集一次硬盘状态，由此可以看硬盘是否正在读写，以M为单位输出。运行一般没有读写硬盘的任务时，显示的bi、bo也就是0至几十。如果上万了或者更多，就说明在读写硬盘比较厉害。

sobereva 发表于 2015-3-11 14:38
从你的截图看，似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap，造成硬盘大量读写，此时容易造成CPU ...

sob老师，我遇到的情况和楼主图片中的情况一样，top后，每项显示都差不多。我用1核来计算时，cpu利用率升高了一些，但也只有30%左右且不很稳定。总共16G的内存，已全部占满了，遇到这种情况，该如何解决呢？
kernel.shmmax=333554432;kernel.shmall=20097152  inp文件如图

跨节点、MPI方式编译我没试过

sobereva 发表于 2015-3-11 14:38
从你的截图看，似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap，造成硬盘大量读写，此时容易造成CPU ...

谢谢您的回复！貌似核数下降还是老样子。。。另外，我想问下您gamess能跨节点并行吧？安装时候跟原先选sockets有啥区别呢？我选择mpi时发现，编译ddi里面并没有生成ddikick.x呢。谢谢！

从你的截图看，似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap，造成硬盘大量读写，此时容易造成CPU占用率很低，闲着没事干。
计算时注意看看硬盘是否正在频繁读写。

可以将并行核数降低到2、4再看看情况。

sobereva 发表于 2015-3-10 18:19
先做个普通的单点任务，比较一下12核和串行情况下运行的实际耗时，以确认到底是否并行正常。

老师，谢谢您的回复。我测试过基组精度仅为3-21G时，进行同样的能量分解计算，并行cpu利用率基本100%的，所以推断基组太大了？不合理啊，仅仅是scf自洽迭代部分，照理说体系和基组又不大的。是不是在安装gamess-1 MAY 2013 (R1)时候有问题？我是按照您博客上“GAMESS-US 2013-May版编译方法”一步步安装的，并且测试任务的结果全部检验通过的。并行选的是sockets。谢谢您了！

先做个普通的单点任务，比较一下12核和串行情况下运行的实际耗时，以确认到底是否并行正常。