Gromacs模拟报错

查看数: 12348 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2015-3-12 17:40

各位老师好：我在用gromacs做动力学模拟时，出现如下这样的错误，请老师帮我看看怎么办呢？

回复 Reply

yaochuang 发表于 Post on 2015-3-14 08:57:00

sobereva 发表于 2015-3-13 19:06
NVT不解决什么问题。还是应当packmol弄初始结构的时候把体系弄得致密一些，要么盒子小点，要么分子多点。否 ...

好的，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2015-3-13 19:06:24

NVT不解决什么问题。还是应当packmol弄初始结构的时候把体系弄得致密一些，要么盒子小点，要么分子多点。否则一控压，盒子迅速收缩，很容易出问题。

yaochuang 发表于 Post on 2015-3-13 17:07:39

sobereva 发表于 2015-3-13 16:41
你的初始结构实在太松散了，如果用控压，一旦跑起来，肯定会发生聚集，盒子也立刻迅速变小，这样很容易出问 ...

需要体相结构，看来还是只能利用以前的体系。

sob老师我可不可先将体系在NVT条件下跑一段时间，然后再在NPT条件下跑MD呢？

sobereva 发表于 Post on 2015-3-13 16:41:02

你的初始结构实在太松散了，如果用控压，一旦跑起来，肯定会发生聚集，盒子也立刻迅速变小，这样很容易出问题。
初始结构应该比较致密才对。
如果本身就不需要模拟体相，还不如就在真空下跑。

yaochuang 发表于 Post on 2015-3-13 10:10:11

sobereva 发表于 2015-3-12 18:29
可以加大点，反正当前也不大。要么就调dd。如果是gmx4，mdrun可以用-pd避免此问题。

谢谢sob老师，我再试试。

sobereva 发表于 Post on 2015-3-12 18:29:44

可以加大点，反正当前也不大。要么就调dd。如果是gmx4，mdrun可以用-pd避免此问题。

sobereva 发表于 Post on 2015-3-12 18:03:22

最好贴出模拟的体系。

一般可以把模拟体系本身弄得大一些，或者若情况允许则改用NVT。
也可以尝试调节下mdrun的-dd参数

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register