sobereva 发表于 2025-4-28 11:14
“受超声、研磨等机械力的影响”可能必须通过CP2K等第一性原理程序描述凝聚相结构才能表现，除非能证明简 ...

收到，谢谢sob老师解答

xxtnenu 发表于 2025-4-28 01:08
看到有用AIMD做分子动力学近似外力对分子的作用来研究力和机械形变对分子反应性的影响，也有使用Gaussian ...

“受超声、研磨等机械力的影响”可能必须通过CP2K等第一性原理程序描述凝聚相结构才能表现，除非能证明简单的单分子或几分子模型就足矣表现这种效应，若有像样的文献里用Gaussian/ORCA做过类似研究可以效仿。

sobereva 发表于 2025-4-26 18:54
我不知道“机械力过程用Gaussian”你具体想怎么做
你说的这些问题没有具体前提、目的，没法回答

看到有用AIMD做分子动力学近似外力对分子的作用来研究力和机械形变对分子反应性的影响，也有使用Gaussian基于CoGEF(constrained geometries simulate external force)的方法，通过约束几何优化模拟分子形变的影响，还有使用orca直接给分子施加外力。目的是想研究分子受超声、研磨等机械力的影响，所以想确定一个合适的理论计算软件模拟该过程。

xxtnenu 发表于 2025-4-26 17:36
谢谢sob老师回复，还想请问sob老师，与orca可以直接施加外力相比，描述机械力过程用Gaussian和orca都可以 ...

我不知道“机械力过程用Gaussian”你具体想怎么做
你说的这些问题没有具体前提、目的，没法回答

sobereva 发表于 2025-4-23 11:48
可以

谢谢sob老师回复，还想请问sob老师，与orca可以直接施加外力相比，描述机械力过程用Gaussian和orca都可以吗？还是如果想严谨一些应该用orca呢？如果用orca直接施加外力，对比前后构象的波函数讨论即可还是应该进行AIMD计算呢？谢谢sob老师

xxtnenu 发表于 2025-4-22 13:05
请问sob老师，冻结原子进行优化的方法能否用于模拟机械力对化合物的影响吗？即在约束条件下执行几何优化 ...

可以

sobereva 发表于 2021-9-5 12:41
这种显然不合理的行为不会有文献专门说

请问sob老师，冻结原子进行优化的方法能否用于模拟机械力对化合物的影响吗？即在约束条件下执行几何优化计算，在分子形变过程中，扫描势能面，在力作用下计算势能面每个点的构象，而后计算每个构象的波函数进行讨论？

xingchangrui 发表于 2024-12-25 16:06
请问社长，如果只优化分子结构中的特定的几个键长，请问如何设置呢？

把其它的内坐标都冻结

请问社长，如果只优化分子结构中的特定的几个键长，请问如何设置呢？

抱歉，老师，我发现我的错误了，是由于6-31G(d)基组没有定义我体系中的Bi元素导致的错误，以后我一定在更仔细复查后再提问。

交大小周 发表于 2023-7-7 17:20
老师好，我是想对比氧气和超氧自由基在我这个体系反应中起的作用(催化材料上与苄基自由基的反应性)，但是va ...

贴Gaussian输出文件
贴这些general的操作系统的报错信息毫无用处

老师好，我是想对比氧气和超氧自由基在我这个体系反应中起的作用(催化材料上与苄基自由基的反应性)，但是vasp对超氧自由基和氧气不太好描述，所以看到老师的这篇文章，希望尝试用高斯限制原子的功能进行计算，但是优化过程会报错，一开始查了这个错误，说可能是内存不够，但是删除至只留几个固定原子，也会出现一样的错误，希望老师可以为我答疑解惑，一下是我的输入文件。谢谢您。
错误提示：
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000146344e243db
   rdx 000000000000000f, rsp 00007ffee1a36f18, rbp 00007ffee1a37490
   rsi 000000000000000b, rdi 00000000003e2439, r8  0000146312dcb000
   r9  0000000000000401, r10 000000000041531e, r11 0000000000000206
   r12 00007ffee1a374d8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
   r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x146345136420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x146344e243db]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x679759]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x6991ba]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x71c20c]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x6c7fbf]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x500b3e]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x49dd85]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x462ab8]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x452eb6]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x450beb]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x450af4]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x146344e05083]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x4509e9]
Aborted (core dumped)

wzkchem5 发表于 2023-5-19 16:52
普通的C=C双键，优化的过程中不会翻过去，因为顺反异构能垒很高。如果是很特殊的双键，例如金属卡宾之类 ...

好的，谢谢

咕噜咕噜 发表于 2023-5-18 14:27
想问下老师异构体优化可以采用限制性优化吗，需求是需要确保顺式异构优化完还是顺式，反式优化完还是反式

普通的C=C双键，优化的过程中不会翻过去，因为顺反异构能垒很高。如果是很特殊的双键，例如金属卡宾之类的，那另说。但是即使这种情况下，也不应该用限制性优化，因为双键的二面角并不是精确的0度、180度，如果你把二面角限定为一个给定的值，那么得到的结构并不是完全收敛的，结果不能用。

sobereva 发表于 2023-5-19 03:10
想多了
优化过程哪会那么容易无理由地就自发翻过去

好的，了解了，谢谢