抱歉，老师，我发现我的错误了，是由于6-31G(d)基组没有定义我体系中的Bi元素导致的错误，以后我一定在更仔细复查后再提问。

交大小周 发表于 2023-7-7 17:20
老师好，我是想对比氧气和超氧自由基在我这个体系反应中起的作用(催化材料上与苄基自由基的反应性)，但是va ...

贴Gaussian输出文件
贴这些general的操作系统的报错信息毫无用处

老师好，我是想对比氧气和超氧自由基在我这个体系反应中起的作用(催化材料上与苄基自由基的反应性)，但是vasp对超氧自由基和氧气不太好描述，所以看到老师的这篇文章，希望尝试用高斯限制原子的功能进行计算，但是优化过程会报错，一开始查了这个错误，说可能是内存不够，但是删除至只留几个固定原子，也会出现一样的错误，希望老师可以为我答疑解惑，一下是我的输入文件。谢谢您。
错误提示：
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000146344e243db
   rdx 000000000000000f, rsp 00007ffee1a36f18, rbp 00007ffee1a37490
   rsi 000000000000000b, rdi 00000000003e2439, r8  0000146312dcb000
   r9  0000000000000401, r10 000000000041531e, r11 0000000000000206
   r12 00007ffee1a374d8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
   r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x146345136420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x146344e243db]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x679759]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x6991ba]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x71c20c]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x6c7fbf]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x500b3e]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x49dd85]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x462ab8]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x452eb6]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x450beb]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x450af4]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x146344e05083]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x4509e9]
Aborted (core dumped)

wzkchem5 发表于 2023-5-19 16:52
普通的C=C双键，优化的过程中不会翻过去，因为顺反异构能垒很高。如果是很特殊的双键，例如金属卡宾之类 ...

好的，谢谢

咕噜咕噜 发表于 2023-5-18 14:27
想问下老师异构体优化可以采用限制性优化吗，需求是需要确保顺式异构优化完还是顺式，反式优化完还是反式

普通的C=C双键，优化的过程中不会翻过去，因为顺反异构能垒很高。如果是很特殊的双键，例如金属卡宾之类的，那另说。但是即使这种情况下，也不应该用限制性优化，因为双键的二面角并不是精确的0度、180度，如果你把二面角限定为一个给定的值，那么得到的结构并不是完全收敛的，结果不能用。

sobereva 发表于 2023-5-19 03:10
想多了
优化过程哪会那么容易无理由地就自发翻过去

好的，了解了，谢谢

咕噜咕噜 发表于 2023-5-18 21:27
想问下老师异构体优化可以采用限制性优化吗，需求是需要确保顺式异构优化完还是顺式，反式优化完还是反式

想多了
优化过程哪会那么容易无理由地就自发翻过去

想问下老师异构体优化可以采用限制性优化吗，需求是需要确保顺式异构优化完还是顺式，反式优化完还是反式

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-9 17:28
您的意思是可以试着找一找；但是还要进一步优化，因为说不定在这个优化过程中结构就又变了？

对

sobereva 发表于 2023-3-9 17:23
找最终的过渡态时不能冻
在测试、尝试过程中可以考虑冻住

您的意思是可以试着找一找；但是还要进一步优化，因为说不定在这个优化过程中结构就又变了？

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-9 16:34
社长，其实是这样的：我想寻找图中所示的OO*基抽取邻碳H原子，但是TS优化的过程中蓝色标注的键一直断开， ...

找最终的过渡态时不能冻
在测试、尝试过程中可以考虑冻住

sobereva 发表于 2023-3-9 15:31
可以

社长，其实是这样的：我想寻找图中所示的OO*基抽取邻碳H原子，但是TS优化的过程中蓝色标注的键一直断开，我就在想是否可以冻住这个键再去找TS？

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-9 11:26
请教一下各位老师，能否通过冻结部分键长寻找TS呢？

可以

请教一下各位老师，能否通过冻结部分键长寻找TS呢？

北大-陶豫 发表于 2023-2-3 15:26
刚想说 “不对，我问的是 C1 点群的分子”
但又想了一下，明白你的意思了，如果是个很大很复杂的分子， ...

我确实看漏了C1群这个条件，不过还好不影响结论。。。