Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-28 15:25
社长你好，感觉这篇博文里域分析后导出的孔洞的等值面比较粗糙，请问有什么方法可以像博文539和617里自由体 ...

原理上可以，把属于孔洞内的每个小格的中心用一个高斯函数表示来展宽，并显示等值面。但目前没自带这个功能。
要么就像第2节的图那样直接显示等值面，根据实际情况屏蔽掉多余的等值面。

社长你好，感觉这篇博文里域分析后导出的孔洞的等值面比较粗糙，请问有什么方法可以像博文539和617里自由体积的计算那样，用切换函数实现平滑化么？

编辑：修改了一下语气，另外预祝新年快乐

另外根据http://bbs.keinsci.com/thread-34060-1-1.html这里的孔洞尺寸和数量统计居然不能迁移到539和617提到的应用上

sobereva 发表于 2020-11-14 02:48
看具体情况，精确调节的话可以考虑用VMD里面的几何变换功能，VMD里通过命令行可以生成几何变换矩阵，作用 ...

谢谢sob老师解答

Yaqi 发表于 2020-11-13 17:18
请教一下，文中提到“遇到分子朝向不正的分子，应当先在gview或VMD等程序里把分子朝向调正”，请问这个步骤 ...

看具体情况，精确调节的话可以考虑用VMD里面的几何变换功能，VMD里通过命令行可以生成几何变换矩阵，作用到被变换的选区上
例如在下面文章里都用了这种做法
让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法
http://sobereva.com/507（http://bbs.keinsci.com/thread-14323-1-1.html）
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177

请教一下，文中提到“遇到分子朝向不正的分子，应当先在gview或VMD等程序里把分子朝向调正”，请问这个步骤就是纯手动调节吗？是否调正是靠眼睛判断吗？还是有什么更标准精确的做法呢？

sobereva 发表于 2019-8-31 00:43
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43
里面搜“孔洞”、“口袋”就有

谢谢老师

tjuptz 发表于 2019-8-30 18:29
请问老师，有哪些在线服务器呢？

计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43
里面搜“孔洞”、“口袋”就有

后来还有不少新出的这类服务器以及一些独立的程序，但我没精力去更新博文添加进去。google一搜就有

其实有很多程序和在线服务器都是专门用来显示孔洞、口袋并计算其体积的，但是这些程序绝大部分都是给生物分子用的，而对于小分子体系，要么完全不适用要么不好用。

请问老师，有哪些在线服务器呢？

已对程序和本文作了更新，现在程序可以把孔洞各个方向的跨距显示出来，而且还可以把边缘格点导出成pdb文件，从而能够在VMD里对孔洞以各种方式测量

sobereva 发表于 2018-3-5 21:31
最好能把孔洞图发出来便于直观对比

应大博士的要求，贴出两个计算出的孔洞的等值面图，均在粗糙格点计算得到的小于0.01的等值面。
这个是利用PDB文件计算出的内部孔洞体积等值面
这个是利用FCH文件计算出的内部孔洞体积等值面


可以看出，利用精确波函数文件，计算出的孔洞等值面更贴近团簇内壁，由此计算出的孔洞体积数值更为精确，更具备说服力。

我本是个娃娃 发表于 2018-3-5 21:00
不单开帖了，在这里发一个关于孔洞体积的测试：
M06-2X/6-311G(d)水平下优化B_24N_24团簇，得到团簇的几何 ...

最好能把孔洞图发出来便于直观对比

不单开帖了，在这里发一个关于孔洞体积的测试：
M06-2X/6-311G(d)水平下优化B_24N_24团簇，得到团簇的几何结构PDB文件和FCH文件。利用两个文件分别计算团簇的孔洞体积，得到数据分别为：
PDB文件：Volume:  132.512000 Bohr^3  (   19.636257 Angstrom^3 )
FCH文件：Volume:  188.536000 Bohr^3  (   27.938159 Angstrom^3 )
可见，利用初密度计算孔洞体积是比较粗糙的，而利用准确波函数来计算孔洞体积的更精确一些。所以如果能够使用准确波函数来计算孔洞体积的，尽量使用准确的波函数来计算。而当体系较大，或者无法得到较为精确的波函数的情况下，最好再去考虑初密度来计算孔洞体积。

学习啦

ggdh 发表于 2018-2-28 21:06
在某些情况下，比如碳纳米管的开口正好对着xy方向，而由于cube的三条边只能是xyz方向。这种情况下cube的某 ...

xy方向具体是哪个方向？
如果开口没法被笛卡尔平面封住，就需要先把体系用gview之类旋转一下再弄到Multiwfn里。Multiwfn里没法旋转盒子也没法旋转分子。