sobereva 发表于 2020-7-18 10:55 好的，谢谢sober老师 |
sobereva 发表于 2020-7-18 10:58 感谢Sob老师！ |
jimulation 发表于 2020-7-17 14:00 TIP4P完全过时了，又贵又烂，若无特殊必要不要用。 做完下面步骤之后照常模拟即可。 
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armstrong 发表于 2020-7-17 10:25 恰当删除，需要自行保证盒子尺寸能让体系满足周期性 另有专门生成冰的结构的程序GenIce，但我没试过：J. Comput. Chem., 39, 61 (2018) |
sobereva 发表于 2018-4-7 18:57 请教Sob老师，如果采用TIP4P水模型，有无方法快速将结构文件中缺少的虚拟原子补上？ |
| 请问，怎么利用现成的xyz文件想，修改冰分子的个数？例如，下载的文件中有1080 slab个冰的，我想改成256x1的冰 |
dgwfly 发表于 2018-4-7 12:57 这点无所谓。模拟时候用NPT，结构和晶格尺寸都会自发进行调整。 |
sobereva 发表于 2018-3-5 15:20 想问下，压缩文档里的冰模型，是根据什么水模型构建的呢，例如，spc/e和tip4p/ice 的键长和键角不一样，这样会有影响么 |
sobereva 发表于 2018-3-6 13:16 成功用VMD载入xyz档了! 我再来研究一下如何用VMD转档 谢谢老师 |
hogan6789 发表于 2018-3-6 08:58 MS本来就不支持载入xyz 启动MS，file-import，支持哪些格式都有罗列。 把.xyz用VMD或Multiwfn转成pdb，就能载入MS |
hogan6789 发表于 2018-3-4 21:37 我说的是用MS打开你的cif文件，不是在MS里从头搭结构。我见过不少例子，一些格式不太标准的cif文件在mercury或者gaussview里打开都很乱，但在MS里都能正常显示 |
hogan6789 发表于 2018-3-5 17:53 1 是。没有特殊情况，就用作者现成提供好的就够了 2 怎么不能载入？载入到哪里？如果是载入到MS，转化成MS可以导入的格式诸如pdb。xyz文件稍微手动改一下就成了.gro格式。 3 我没试过那个程序。python程序用不着编译，本身就是脚本语言 |
sobereva 发表于 2018-3-5 15:20 老师好! 1.关于第一篇论文,我有大致看过一下,里面是介绍ice-ih的晶体规则,请问这是要自己利用这些规则编译程式吗? 2.因为我平常都是用material studio建构结构,刚刚试了提供的xyz档,发现不能载入,请问是需要其他的处理吗,或是老师平常是如何将这些xyz档转成gromacs的结构档? 3. 这篇paper提供的程式好像要用python 3编译,不过lab平常是用c++编译,请问还有其他的推荐程序吗? 谢谢您 |
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