student0618 发表于 2026-5-24 15:17
https://github.com/vitroid/GenIce
pip 也可以直接安装 https://pypi.org/project/genice2/ 可建立cond ...

十分感谢老师

牧生 发表于 2026-5-24 15:34
已经有genice3了

https://pypi.org/project/genice3/

感谢老师感谢老师

student0618 发表于 2026-5-24 15:17
https://github.com/vitroid/GenIce
pip 也可以直接安装 https://pypi.org/project/genice2/ 可建立cond ...

已经有genice3了

https://pypi.org/project/genice3/

春雨你好 发表于 2026-5-24 11:57
这个是gromacs里面的吗，我去下载试试，谢谢老师

https://github.com/vitroid/GenIce
pip 也可以直接安装 https://pypi.org/project/genice2/ 可建立conda环境来用

student0618 发表于 2026-5-24 11:29
genice2 简单易用，可以先试它

这个是gromacs里面的吗，我去下载试试，谢谢老师

春雨你好 发表于 2026-5-24 10:19
你好，我想问一下到最后在MS上有没有得到冰-ih模型。我按照上面你们的信息记录。到vmd转换成pdb这个地方就 ...

genice2 简单易用，可以先试它

你好，我想问一下到最后在MS上有没有得到冰-ih模型。我按照上面你们的信息记录。到vmd转换成pdb这个地方就进行不下去了，我明明转换成pdb了，但是文件类型就是只显示文件，我把文件复制到MS2023中打不开，也不知道什么原因试了好几次。

sobereva 发表于 2020-7-18 10:55
恰当删除，需要自行保证盒子尺寸能让体系满足周期性
另有专门生成冰的结构的程序GenIce，但我没试过：J. ...

好的，谢谢sober老师

sobereva 发表于 2020-7-18 10:58
TIP4P完全过时了，又贵又烂，若无特殊必要不要用。

做完下面步骤之后照常模拟即可。

感谢Sob老师！

jimulation 发表于 2020-7-17 14:00
请教Sob老师，如果采用TIP4P水模型，有无方法快速将结构文件中缺少的虚拟原子补上？

TIP4P完全过时了，又贵又烂，若无特殊必要不要用。

做完下面步骤之后照常模拟即可。

armstrong 发表于 2020-7-17 10:25
请问，怎么利用现成的xyz文件想，修改冰分子的个数？例如，下载的文件中有1080 slab个冰的，我想改成256x1 ...

恰当删除，需要自行保证盒子尺寸能让体系满足周期性
另有专门生成冰的结构的程序GenIce，但我没试过：J. Comput. Chem., 39, 61 (2018)

sobereva 发表于 2018-4-7 18:57
这点无所谓。模拟时候用NPT，结构和晶格尺寸都会自发进行调整。

请教Sob老师，如果采用TIP4P水模型，有无方法快速将结构文件中缺少的虚拟原子补上？

请问，怎么利用现成的xyz文件想，修改冰分子的个数？例如，下载的文件中有1080 slab个冰的，我想改成256x1的冰

dgwfly 发表于 2018-4-7 12:57
想问下，压缩文档里的冰模型，是根据什么水模型构建的呢，例如，spc/e和tip4p/ice 的键长和键角不一样， ...

这点无所谓。模拟时候用NPT，结构和晶格尺寸都会自发进行调整。