sobereva 发表于 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触，模拟早就崩了。仔细检查，还不行换个rdf计 ...

试过多个溶液中的海藻糖分子与溶质分子的径向，结果都差不多

sobereva 发表于 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触，模拟早就崩了。仔细检查，还不行换个rdf计 ...

社长，我的指令是：gmx rdf -f urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8.trr -s urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8.tpr -n urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-rdf.ndx -b 40000 -e 60000 -rdf mol_com -o urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-sar-280-mol-rdf-40ns.xvg -cn urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-sar-280-mol-rdf_cn-40ns.xvg
在索引文件中我选中的是熔液层中的一个海藻糖分子，另一个组是所有溶液层中的溶质分子。

应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触，模拟早就崩了。仔细检查，还不行换个rdf计算工具再看看。