牧生 发表于 2021-11-30 10:20
今日用大佬的脚本作图，我做的图有点不太合适，想请教如何设置    （选择输出数据时，选择的第一个delta_ ...

左边标签是我的错，上次编辑的时候手抖删了一个$符号，现在应该没问题了。字体你在第15行前面插入一行这个代码即可。

1. plt.rc('font',family='Times New Roman')

复制代码

snljty 发表于 2021-12-1 10:14
可以搜一下Matplotlib如何改字体。如果不急，我有时间可以补充~

菜鸡正在眼巴巴的望着大佬

牧生 发表于 2021-11-30 10:20
今日用大佬的脚本作图，我做的图有点不太合适，想请教如何设置    （选择输出数据时，选择的第一个delta_ ...

可以搜一下Matplotlib如何改字体。如果不急，我有时间可以补充~

snljty 发表于 2021-3-13 16:49
最后那个sign(λ_2)ρ -- δg_inter，用前者填色的散点图（Multiwfn手册4.20.10.1结尾）， 分享一个python ...

今日用大佬的脚本作图，我做的图有点不太合适，想请教如何设置    （选择输出数据时，选择的第一个delta_g inter ）

此外，如果要改字体为time news roman，该如何设置。我看了一阵脚本，没找到字体设置，也极有可能是因为我太菜，没看懂这个脚本。


数据放在蓝奏云
https://www.lanzouw.com/i8Uwvx1md1a

牧生 发表于 2021-10-13 15:26
那么，有没有这样一种可能，使用IGM考察主-客体复合物中的弱相互作用，但是由于原子距离略远，相互作用极弱 ...

CO2与水之间以范德华作用为主，没有水和水之间的氢键作用，所以强度弱得多，也因此必须等值面数值设得很小时才能看到CO2与水的相互作用。IGM/IGMH不像RDG或IRI那样通常用一个较普适的等值面数值就能把各种强度的弱相互作用都展现。
两个体系没有必要统一等值面数值，只要分别标清楚等值面数值的大小就行

那么，有没有这样一种可能，使用IGM考察主-客体复合物中的弱相互作用，但是由于原子距离略远，相互作用极弱，导致没有等值面呢？或者说，在一定条件下没出现明显的等值面，就认为相互作用小到可以忽略？

比如今天就遇到了这样一个问题，如附件中的318.pdb，是一个二氧化碳水合物中，二氧化碳分子以及附近的几个水分子，其中，二氧化碳分子的编号是49-51，总原子69个
使用Multiwfn  ，100, 2，转化为gif文件，编辑该gif文件，输出为wfn格式，文件末尾输出为318.wfn，其余直接使用Multiwfn提供的默认参数。将其进行优化，得到wfn文件后，然后Multiwfn 318.wfn
依次选择
20
11   //IGMH方法
2    //分成两个片段
49-51  //选择二氧化碳的三个原子
1-48,52-69     //选择其余的原子
3  //高质量输出
3 //输出cub文件
然后得到cub文件，打开vmd，source IGM_inter.vmd作图，得到如下






默认的0.01，完全没有等值面，改成0.001以后，才出现绿色等值面。二氧化碳与水作用散点图是这样的，黑色是分子内之间的作用，红色的分子间作用力几乎就少的看不清。



如果分析二氧化碳水合物中，水和水的IGMH，等值面选默认的0.01，就已经出现了很好的4个圆片蓝色等值面了。


水与水作用的散点图 黑色与上图无明显区别，表明分子内作用没变化，但分子间的红色区域比较明显，-0.04附近的红色就是氢键，0.03左右就是水之间的位阻？可以这样认为吗？在0处，红色和黑色虽有小小区别，但又几乎重合，如何解释这个几乎重合呢？

大佬提及

1. sobereva 发表于 2020-6-8 18:47
   
2. 原理上适合任何弱相互作用

复制代码

第一个问题：既然IGM适用于任何弱相互作用，但是图形上否具有可比较性。。同一个体系，如果要将二氧化碳与水的相互作用、和水与水的相互作用进行对比，且希望从等值面图形上进行对比，是否需要都在等值面0.01的条件下才具有可对比性？如果发文章，我是应该选择一个0.001，一个选择0.01来获取图像呢，还是应该都选择0.01，就让其一个图像中没有等值面？？

第二个问题：在此情况下，是否可以说明，二氧化碳与周围水分子相互作用极弱，如果需要把等值面那个值设的特别小，如0.001（或者别的体系需要设置到0.00001）才出现等值面绿色区域，是否可以认为作用太太太弱，在当前体系中（相对于水中氢键那种强的作用），去考虑这个作用已经没有意义了。

第三问题：也可以从散点图中的区域进行对比？然后进一步再积分，可以更进一步说明问题？？（但手册中关于积分的部分，虽然很详细，但理解起来还是有点吃力，不如图形那么直观。）

318.pdb (5.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2021-10-13 15:02 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

linqiaosong 发表于 2021-8-27 17:22
社长，我想问一下对阴离子体系的弱相互作用进行IGM分析的波函数是否可以直接用带弥散函数基组算出来的波函 ...

IGM分析只依赖于坐标信息，不依赖于波函数，我提出的IGMH才是基于波函数算的。IGMH、RDG、IRI这种基于实空间函数做的分析都不怕弥散函数

更多信息看下文的“Q36：波函数分析时能带弥散函数么？”
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

社长，我想问一下对阴离子体系的弱相互作用进行IGM分析的波函数是否可以直接用带弥散函数基组算出来的波函数？还是必须用不带弥散函数的基组算个单点？

snljty 发表于 2021-3-13 16:49
最后那个sign(λ_2)ρ -- δg_inter，用前者填色的散点图（Multiwfn手册4.20.10.1结尾）， 分享一个python ...

不错，我已在此文文末提及了这个脚本

最后那个sign(λ_2)ρ -- δg_inter，用前者填色的散点图（Multiwfn手册4.20.10.1结尾）， 分享一个python脚本。
使用时python装好库，加载好环境，在含有output.txt的目录执行即可。

1. #! /usr/bin/env python3
   
2. # -*- Coding: UTF-8 -*-
   
3. 
   
4. r"""
   
5. Draw IGM map scatter.
   
6. delta_g inter only.
   
7. """
   
8. 
   
9. import time
   
10. import numpy as np
    
11. import matplotlib.pyplot as plt
    
12. from matplotlib.colors import LinearSegmentedColormap
    
13. from sys import argv
    
14. 
    
15. time_s = time.time()
    
16. cmap_bgr = LinearSegmentedColormap.from_list('bgr', ['#0000FF', '#00FF00', '#FF0000'])
    
17. dg, sl2r = np.loadtxt(argv[1] if len(argv) > 1 else 'output.txt', unpack = True, usecols = (0, 3))
    
18. # column 3 is sl2r, which should not be changed. column 0, 1, 2 are delta_g_inter, delta_g_intra
    
19. # and delta_g, respectively. The default is to use the delta_g_inter.
    
20. # here if, by default, use delta_g_inter, the variable 'dg' stands for delta_g_inter.
    
21. # if you change the line you used, you'd better change the variable name and y label as well.
    
22. time_m = time.time()
    
23. print('Time used for reading data: %5.1lf s' % (time_m - time_s))
    
24. fig, ax = plt.subplots(figsize = (9.6, 7.2))
    
25. sc = ax.scatter(sl2r, dg, c = sl2r, s = 1, vmin = -0.05, vmax = 0.05, cmap = cmap_bgr)
    
26. ax.set_xlim(-0.05, 0.05)
    
27. ax.set_ylim(0, 0.08)
    
28. ax.set_xticks(np.linspace(-0.05, 0.05, 11))
    
29. ax.set_yticks(np.linspace(0, 0.08, 9))
    
30. ax.set_xlabel('$\\mathrm{sign}\\left(\\lambda_2\\right)\\rho$ (a.u.)')
    
31. ax.set_ylabel(u'$\u03b4g_{inter}$ (a.u.)')
    
32. cbar = plt.colorbar(sc)
    
33. cbar.set_ticks(np.linspace(-0.05, 0.05, 11))
    
34. # fig.savefig('IGMmap.ps')
    
35. fig.savefig('IGMmap.png')
    
36. time_e = time.time()
    
37. # plt.show()
    
38. print('Time used for drawing:      %5.1lf s' % (time_e - time_m))
    
39. print('Total time elapsed:         %5.1lf s' % (time_e - time_s))
    
40. 
    

复制代码

小和尚 发表于 2020-6-8 15:23
老师，请问IGM函数对于分子内氢键的分析适用吗？

原理上适合任何弱相互作用

老师，请问IGM函数对于分子内氢键的分析适用吗？

hanmingxi 发表于 2020-5-10 19:17
sob老师，请问multiwfn输出在vmd作图的文件默认δg_inter=0.01，怎么输出δg_inter不同时的文件？

文本编辑器打开作图脚本文件，把那个值改一下就完了

sob老师，请问multiwfn输出在vmd作图的文件默认δg_inter=0.01，怎么输出δg_inter不同时的文件？

sobereva 发表于 2020-4-13 10:04
可以，参考Multiwfn手册4.200.14.1，通过域分析实现

谢谢！