你好 我想问一下离子模型是怎样构建的  

wyk1211 发表于 2018-3-28 14:40
老师您好，我的目的是构建含有硫酸根和水合氢离子的体系，in文件如下，请问会不会是某些参数设置错了？
...

我没有算过你的体系，不过你可以尝试以下方法：
1. 首先确保硫酸根和水合氢离子力场是正确的
2. 在1的前提下重新计算分子电荷
3. 都无法解决的时候，考虑4点或更精确的水模型

k64_cc 发表于 2018-3-23 21:17
明明就是带电离子，为什么不团聚呢？氢交换这种问题就不适合用classical MD...

老师您好，我的目的是构建含有硫酸根和水合氢离子的体系，in文件如下，请问会不会是某些参数设置错了？
# simulation of water and sulfure

units real
dimension 3
boundary p p p
atom_style full
read_data data.so4

neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes
timestep 1.0

pair_style lj/cut/coul/long 8.0 10.0
pair_coeff    * *
bond_style harmonic
bond_coeff  * *
angle_style harmonic
angle_coeff * *

kspace_style pppm 1.0e-4

#----------define groups----------#
group water type 1 2
group H3O+  type 3 4
group SO4- type 5 6

compute  mobile water temp
compute  move all pressure mobile
velocity all create 298.15 482748 dist gaussian

minimize 1.0e-4 1.0e-6 10000 100000
dump 1 all xyz 10 flow1.xyz
undump 1

fix 1 water shake 0.0001 10 0 b 1 a 1
fix 2 all nvt temp 298.15 298.15 100.0
fix_modify 2 temp mobile

thermo 1000
thermo_style custom step c_mobile temp c_move press density etotal

dump 2  all   atom 10000 xyz.lammpstrj
dump 3  all   xyz 10000 xyz.xyz

restart 50000 restart.*
run 10000000

明明就是带电离子，为什么不团聚呢？氢交换这种问题就不适合用classical MD...

模拟一下硫酸氢根与水合氢离子试试？

你是水溶液？怎么感觉水分子这么怪