cottondog 发表于 2018-4-20 12:12
老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么？

和RDG一样

sobereva 发表于 2018-4-20 11:58
填色IGM或RDG图，一看颜色就足矣说明

老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么？

cottondog 发表于 2018-4-20 11:57
那表现色散作用可以放个啥图？

填色IGM或RDG图，一看颜色就足矣说明

sobereva 发表于 2018-4-20 11:50
这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的

那表现色散作用可以放个啥图？

cottondog 发表于 2018-4-20 11:13
老师，我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因，但是从k处看出，一个带比较强的正电，一 ...

这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的

cottondog 发表于 2018-4-17 16:45
非常感谢老师的耐心解答，下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候，可以屏蔽掉周围影响观察的点 ...

熟悉ps的话可以直接ps掉，不难
或者在VMD里恰当使用选择语句，通过几何关系只让感兴趣的点显示

sobereva 发表于 2018-4-11 19:21
看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段，但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没 ...

非常感谢老师的耐心解答，下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候，可以屏蔽掉周围影响观察的点吗，比如做个盒子？怎么操作比较合适
谢谢老师！

cottondog 发表于 2018-4-11 09:52
老师，算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗，以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗？gCP可以 ...

看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段，但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没有直接的counterpoise关键词，得自己通过鬼原子实现

gCP对能量的贡献会直接输出出来

sobereva 发表于 2018-4-4 23:23
VMD是在刚载入结构的时候根据判断的成键关系确定fragment是怎么划分的
如果是想选定某些原子区域，而 ...

老师，算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗，以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗？gCP可以做BSSE矫正，但是输出相互作用能吗

cottondog 发表于 2018-4-4 19:15
我是做IGM嘛，载入vmd时候，金和硫是不连着的，手动给连上了，但是vmd还是不能判断是同一个分子片段。 后 ...

VMD是在刚载入结构的时候根据判断的成键关系确定fragment是怎么划分的
如果是想选定某些原子区域，而这些区域又不正好对应某个自动确定的fragment，就用诸如serial 3 6 10 to 20这样的语句按原子序号选择就可以了，不用利用fragment

sobereva 发表于 2018-4-4 17:48
还是不清楚你的情况...
再鼓捣鼓捣吧

我是做IGM嘛，载入vmd时候，金和硫是不连着的，手动给连上了，但是vmd还是不能判断是同一个分子片段。 后面做主客体分别设置显示模式（Representation）时候，用fragment N也设置不上，大概因为不是片段吧，所以问问老师，单个原子怎么设置，或者其他方法给连上？

cottondog 发表于 2018-4-4 14:13
抱歉，我没说清楚，我是在模仿老师这个图但是金原子不能使用fragment设置成主体的那个显示模式，其他片段 ...

还是不清楚你的情况...
再鼓捣鼓捣吧

sobereva 发表于 2018-4-4 14:09
不是已经连上了？被设置指什么？

抱歉，我没说清楚，我是在模仿老师这个图但是金原子不能使用fragment设置成主体的那个显示模式，其他片段都可以，唯独剩下了金。