hhxx 发表于 2023-6-8 16:30 gview又不是计算程序 要得到周期性体系的Multiwfn可以做波函数分析的波函数文件，用CP2K，仔细看下文 详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件 http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html） |
| 您好楼主，我想请教一下，我是利用calypso搜索结构，然后vasp优化，有了cif文件，想要fch文件的话必须在高斯进行单点才可以吗，Gview可以不 |
sobereva 发表于 2022-10-28 11:32 谢谢社长的解答，我是小白，先看看您提供的信息。 |
zjxitcc 发表于 2022-10-28 10:57 非常感谢您的解释。 |
zhiqiangwang 发表于 2022-10-28 10:08 cif只有结构信息，要得到含有波函数信息的波函数文献，要计算，不叫转换 如果是要做周期性计算得到考虑周期性的波函数用于Multiwfn的分析，一般建议用CP2K，仔细看 详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件 http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html） 如果是要挖成簇，就自己截出来，有必要时边界做特殊处理，比如氢饱和等，参考比如 18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例 http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html） 使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html） 如果只分子晶体，只需要对单分子或者分子团簇做波函数分析，用Multiwfn可以自动产生单个完整分子或分子团簇的结构，然后量化程序计算就得到了波函数文件，参考下文里的考察晶体的例子 使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html） 如果你连波函数文件指的是什么还不清楚的话，先看 详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换 http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html） |
zhiqiangwang 发表于 2022-10-28 10:08 这个不能称为文件转换。量子化学/计算化学也不是说随便搞个文件转化就能得到想要的结果。文件转换的意思是一个文件的信息完全包含另一个文件，或者两个文件信息完全等价，才能进行文件转换/文件生成。 cif文件只有结构信息（即原子坐标和单胞信息），要做量子化学计算才能得到波函数文件（例如fch文件，含坐标、基组和轨道信息）。当然，也并不是说用GaussView打开cif文件后看似没有报错、点几次鼠标就叫做计算。 如果你是想得到fch文件用于Multiwfn做波函数分析，那么你首先要考虑要进行孤立体系的计算还是周期性体系的计算，这两种类型的计算常用程序是完全不一样的；如果是前者，你得接着考虑如何将cif文件内周期性结构做合理截断和边界处理，变成孤立体系/团簇，然后才能做孤立体系的计算。 |
清远常山 发表于 2018-4-3 15:38 请教楼主，怎么将cif文件转换成fch文件的呢？ |
清远常山 发表于 2018-4-8 21:56 切勿看网上一些乱七八糟教程，错误百出 末尾的路径前头要有空行，高斯对空行很敏感，而且必须指定.wfn文件产生具体路径，光写个目录名不行。Multiwfn手册第四章开头就有产生.wfn文件的例子。 |
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终_焉 发表于 2018-4-3 06:22 cif里的坐标一般都是分数坐标，肯定不能直接用啊。。。 |
终_焉 发表于 2018-4-3 20:22 直接把cif文件扔到chem3D里，一般就能给你产生完整的分子 gview也可以载入cif文件，里面复制延展成复晶胞后，取一个完整分子出来也可以 高斯也能直接做PBC计算（二维、三维时速度很慢），并产生fch文件给Multiwfn用 |
借帖请教一下大家，cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么？我把cif中的_atom_site_type_symbol ，_atom_site_fract_x ， _atom_site_fract_y ，_atom_site_fract_z提取，得到gif文件，但是分子间距很不合理，见下图：
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清远常山 发表于 2018-4-3 15:38 不是获得基组信息，是获得含有波函数信息的文件。 假设你要做CDA分析，对于这种依赖于基函数信息的分析，你得挖出一个团簇，然后用量化程序（如Gaussian、ORCA、Molpro等）计算个单点，得到.fch或.molden等，然后再用Multiwfn做CDA分析。 |
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让你变成回忆 发表于 2018-4-3 15:08 谢谢您的回复，我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献，以FeS2为例，当锂离子或者钠离子嵌入后，在嵌入离子的影响下，Fe和S对轨道的贡献变化。我已经有了FeS2和不同嵌入量下的cif文件，我怎么才可以获得基组信息呢，已经有material studio，这个软件可以通过cif文件得到multiwfn所需要的文件格式吗？希望您能解惑 |
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