丁越 发表于 2021-9-26 19:56
那请问一下这个max r具体指的是什么呢？选取有什么要求么？假如我的盒子是立方边长是a。

你统计的最远距离

fhh2626 发表于 2018-4-16 16:14
因为你只统计到10啊。。

那请问一下这个max r具体指的是什么呢？选取有什么要求么？假如我的盒子是立方边长是a。

琥珀坠 发表于 2019-6-5 20:00
请问VMD考虑pbc时只能算正交格矢的吗，如何算六方的

可以转成正交再搞

sobereva 发表于 2019-12-15 11:10
PBC显然是周期边界条件。计算rdf时是否考虑PBC很多情况会影响结果
你先确保all和type Co两种选择方式的 ...

多谢sobereva老师指点！！

yuyu116 发表于 2019-12-13 15:30
您好 关于VMD计算径向分布函数 想请教您 PBC是什么意思？为什么我在 Selection1 = all， Selection2 = al ...

PBC显然是周期边界条件。计算rdf时是否考虑PBC很多情况会影响结果
你先确保all和type Co两种选择方式的等价性再说

fhh2626 发表于 2018-4-16 16:14
因为你只统计到10啊。。

您好 关于VMD计算径向分布函数 想请教您 PBC是什么意思？为什么我在 Selection1 = all， Selection2 = all，得到的值，和同等间距 Selection1 = type Co， Selection2 = Co比较的时候，Co的g（r）远大于总的g（r）？是需要把Co的g（r）除2吗？希望您指点指点，谢谢

fhh2626 发表于 2019-10-17 10:57
pair rdf就是设定两种类型原子，然后统计出任意两个这两种类型原子的距离，结果是这个距离的分布
simple ...

谢谢啦！

naoki 发表于 2019-10-17 09:36
想请教一下您pair rdf和simple rdf有什么区别呢 谢谢~

pair rdf就是设定两种类型原子，然后统计出任意两个这两种类型原子的距离，结果是这个距离的分布
simple rdf就是给一个点或者一个原子，算围绕这个点的其他原子的分布

fhh2626 发表于 2018-4-8 01:00
VMD算的是pair rdf，你要算的是simple rdf，不太一样

不过你结果等于0的原因是你的max r等于10

想请教一下您pair rdf和simple rdf有什么区别呢 谢谢~

mazhi19950907 发表于 2018-4-7 22:13
你好,sob老师,很感谢你能回复我的问题。不过我设置了盒子的大小，然后计算的时候选择了pbc。如前两个图所 ...

请问第一张图是在哪里可以设置

sobereva 发表于 2018-5-23 18:47
确认你输入pbc box命令的时候能正常显示出盒子边框，否则当前体系并没法利用周期边界条件

请问VMD考虑pbc时只能算正交格矢的吗，如何算六方的

chw985550192 发表于 2018-5-23 09:40
你好，看你用vmd做的径向分布函数，我的也是趋于零，你找到解决的原因了吗，可以回答下吗，谢谢，那个所谓 ...

确认你输入pbc box命令的时候能正常显示出盒子边框，否则当前体系并没法利用周期边界条件

你好，看你用vmd做的径向分布函数，我的也是趋于零，你找到解决的原因了吗，可以回答下吗，谢谢，那个所谓的归一化你是怎么解决的，谢谢

mazhi19950907 发表于 2018-4-16 15:26
你好，感谢你能回答我的问题。不过为什么max r等于10最后的结果就是0啊，能否给简单的解释一下

因为你只统计到10啊。。