用质心可能不太好，用分子间最近距离小于多少4埃可能还比较合适。你说的按照rdf方式统计应该不行。
实际上是个归簇的问题，leach的书Molecular modelling Principles and applications 2ed里我记得有不少讨论。可以通过循环，把分子都归进一个个簇里，最后看不同分子数的簇各有多少。归簇到最后，任何两个簇里的分子的最近距离都>4埃了

sobereva 发表于 2015-4-18 04:19
获得图1有轨迹文件就行了（MD或MC产生的），也可以用大量pdb合并成轨迹。然后很多程序都能产生相应的空间分 ...

关于第二个，标准的设定是不是这样呢：假如我标定两分子质心距离<4埃,那么算法是不是类似于RDFs那样，
将某个分子作为参考分子，寻找在4埃球形范围内的所能找到的分子数n1,然后在依次循环总分子数的次数，然后在统计呢？

获得图1有轨迹文件就行了（MD或MC产生的），也可以用大量pdb合并成轨迹。然后很多程序都能产生相应的空间分布格点数据，如gmx的g_spatial，然后做等值面图即可。
图2描述不同团簇大小的出现比率，得自己弄个判断团簇大小的标准，然后写程序得到。