本帖最后由 mutron 于 2018-4-19 17:04 编辑 1601214963 发表于 2018-4-19 10:21 嗯，我看到你1L的图片里面两个产物溶剂水分子的氢原子位置基本没变动，而且N-Cl-O角和不加显式水分子时候基本一样，觉得你优化的TS结构很有可能不是能量最低（文章SI里有他们搜索过能量最低的TS结构） 原文加了显式水的TS里均有参与（环状）质子链转移的水分子，N-Cl-O角也逐渐趋向于直线（类似于卤键在键轴上的sigma穴？）： 
题主的TS结构更类似于没有加溶剂水（所以你加了显式水前后计算的结果一样也就不奇怪了），显式水分子并没有参与到质子转移的过程：
如果使用原文SI里面5个显式水结构计算氯胺水解活化能为：106kj/mol （B3LYP/6-31G*） |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 1 |
mutron 发表于 2018-4-18 22:00 我认真看了下我5水的IRC追踪，我的显示结构并没有参与到反应中去，我的TS结构应该和文章中不一样，应该还存在一个结构IRC追踪中，会有H2O中的H转移，我觉得这样话就能降低能垒了 |
mutron 发表于 2018-4-18 22:00 TS 0 1 N -0.73777400 -0.98137000 -0.13941000 H -1.42552900 -1.71880100 0.05942300 H -0.09326000 -0.68419900 0.61972800 H -0.31564200 -1.01807500 -1.06420000 Cl -2.56358100 0.44006100 -0.34524900 O -3.24851700 -1.73685000 0.05605700 H -3.46230400 -1.51312800 0.98074800 O 2.55881400 -2.27044800 0.23692300 H 2.57664400 -1.59817400 -0.48583200 H 1.75196400 -2.77781900 0.04577200 O 1.23832700 -0.37244100 1.82623300 H 1.59489000 0.44482600 1.39022600 H 1.77100100 -1.08837300 1.40297700 O -0.32790200 2.92388300 0.06325100 H -0.87075600 2.11594400 -0.02015000 H -0.45392700 3.17744400 0.99359000 O 2.48245800 -0.19150600 -1.61675900 H 1.65599300 -0.25670000 -2.12551400 H 3.17959500 -0.16378200 -2.29488800 O 2.19534800 1.78063500 0.37630300 H 1.31788800 2.20461500 0.21170100 H 2.33052000 1.19858200 -0.40453900 IRC-Reactants 0 1 N -1.30983600 -0.78451600 -0.20354900 H -2.46908900 -2.20810600 0.15831900 H -0.55413800 -0.65733000 0.48763100 H -0.86059100 -0.79844200 -1.12028100 Cl -2.19853400 0.75622000 -0.17770700 O -3.06286100 -2.97789500 0.31265700 H -3.55541900 -2.75521600 1.11174100 O 2.54338200 -2.31047800 0.20498800 H 2.54600600 -1.67221900 -0.53662800 H 2.12366400 -3.10449700 -0.14830100 O 0.93750600 -0.51494500 1.73583200 H 1.35272800 0.29548200 1.37236000 H 1.45242400 -1.23521900 1.32159200 O 0.30721600 3.57708100 -0.25498200 H -0.54631300 3.12439800 -0.22990800 H 0.24260800 4.25362700 0.43190400 O 2.46415200 -0.25336700 -1.72987600 H 1.63110100 -0.25992300 -2.22066900 H 3.15243700 -0.20300900 -2.40683000 O 2.23071200 1.62749400 0.42333800 H 1.58151900 2.31480200 0.17125200 H 2.36467500 1.09076000 -0.37988700 IRC-Products 0 1 N -0.24727000 -1.67776600 -1.93194400 H -0.80471700 -1.03194600 -2.48666200 H -0.79200000 -1.88882300 -1.09858400 H -0.18162300 -2.54192800 -2.46518800 Cl -3.24692700 0.54506600 -0.39806400 O -3.51184700 -1.11073700 0.02396000 H -4.00337100 -1.06647100 0.86218200 O 3.36917500 -2.19552700 0.75394800 H 2.96801000 -1.71599300 -0.00450900 H 2.88422900 -3.02807600 0.80839800 O 2.64390300 -0.15411200 2.62167900 H 2.41769500 0.52143100 1.95187900 H 2.89678100 -0.92751700 2.08172800 O -0.27881700 3.04692400 0.16439600 H -0.90291100 2.80893400 0.86235200 H -0.10441300 3.98669600 0.30521800 O 2.20980300 -0.66636100 -1.26141700 H 1.31427600 -1.03117700 -1.54175600 H 2.72020100 -0.56328200 -2.07440800 O 2.13823900 1.58138600 0.42900000 H 1.29309100 2.06156100 0.33026400 H 2.11224200 0.85536800 -0.22798400 |
1601214963 发表于 2018-4-18 14:53 差不多是因为此时的显式水只是起到外环境作用，没有对化学反应起到关键性影响 凡是用显式溶剂模型，若无特殊情况，一律同时结合隐式溶剂模型时用，即使用杂化溶剂模型 |
|
题主能否提供你计算的5个显式水的过渡态结构坐标？（最好把你IRC跑的产物结构也贴上吧） 原文章的过渡态、产物结构都是气相下优化，然后再加上（气相结构）溶剂模型下计算的单点能和气相下计算的单点能之差，得到溶剂环境下的自由能。只是它用的是B3LYP/6-31g* |
sobereva 发表于 2018-4-13 09:08 老师，我第一组 smd 模型 和 第二组 5个显示水+smd 模型 结果两者差不多，那是因为都用来隐式的么？我是不是应该拿 smd模型和只有5个显示的进行对比。这样会用不同么？ |
|
建议你先用文章当中完全相同的级别把文章里的结果重复一遍，验证基本流程合理。 是否考虑额外几个显式水，不会造成这么大差异。 |
|
本帖最后由 agent99 于 2018-4-12 13:04 编辑 “NH2Cl在水溶液里会发生水解反应，NH2Cl+H2O→NH3+HOCl ，一氯胺水解平衡常数大约为2.8 × 10 -10 数据来源：https://en.wikipedia.org/wiki/Chloramine我计算了NH2Cl水解的活化能为 0.11au,即296kJ/mol.（ps,不敢相信这个数值）” 这个数确实太高了，不过和水解平衡常数有什么关系？ |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-23 19:20 , Processed in 0.183617 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites