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晶体（如MOFs）结构精修及电荷计算问题求教

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朙天儿

发布时间: 2018-4-15 23:40

正文摘要:

请问sob老师，关于晶体，目的是得到含H的完整结构，并计算atomic partial charge后，模拟气体通过的MD，此电荷应该就是我们平时理解的原子电荷，因为连接方式复杂，故此形象称呼？。问题如下： 1.1 单独优化的氢原 ...

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朙天儿 发表于 Post on 2018-4-17 08:21:23

sobereva 发表于 2018-4-17 07:27
CBAC看J. Phys. Chem. C 2010, 114, 5035–5042、J. Phys. Chem. C 2010, 114, 9945–9951

DDEC是专门 ...

看到大神回复了，太感谢了

sobereva 发表于 Post on 2018-4-17 07:27:15

朙天儿发表于 2018-4-17 07:03
我好多东西都不敢确定，回头问一些小白的问题。CBAC和QEq具体您用什么软件，操作步骤是什么？
直接做Per ...

CBAC看J. Phys. Chem. C 2010, 114, 5035–5042、J. Phys. Chem. C 2010, 114, 9945–9951

DDEC是专门计算周期性体系原子电荷的一种方法，并不涉及像拟合静电势电荷那样的“拟合”

朙天儿 发表于 Post on 2018-4-17 07:03:06

agent99 发表于 2018-4-17 01:55
MOF的电荷有一些专门的方法来生成，比如CBAC，EQEq，都是经验方法（无需量化计算拟合）而且精度尚可，可能 ...

我好多东西都不敢确定，回头问一些小白的问题。CBAC和QEq具体您用什么软件，操作步骤是什么？
直接做Periodic DFT后DDEC方法拟合，这是如何做的？

agent99 发表于 Post on 2018-4-17 01:55:04

MOF的电荷有一些专门的方法来生成，比如CBAC，EQEq，都是经验方法（无需量化计算拟合）而且精度尚可，可能比你这样抠几个片段然后拼在一起要方便些。另外可以用unit cell直接做periodic DFT计算然后用DDEC方法拟合，精度更好

朙天儿 发表于 Post on 2018-4-16 21:56:48

再记录几个问题。

假如写成坐标就是四个空位都连接了0.25个N原子，那么请问，
N上还需要连2个H，是 4*0.25(-NH2) 好？还是将删掉4个0.25，随机填上一个完整的-NH2更好？

感觉上是前者比较好。
假如按 4*0.25(-NH2) 笛卡尔坐标需要写4个，手动填好后正常Gaussian优化合适吧？在Gaussian里的占据情况不会改变吧？
优化后的结构做气体吸附扩散的GCMC和MD模拟，如何体现是0.25占据？

朙天儿 发表于 Post on 2018-4-16 07:36:01

非常感谢老师~我去试试

sobereva 发表于 Post on 2018-4-16 02:31:15

1.1 这里说了
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404

1.2 你要当成孤立体系计算就去掉TV。Gaussian里原子数稍微多一点，当做PBC计算都根本算不动。170个原子更是绝对没戏。

2.1 边缘的悬键需要进行恰当的饱和处理，然后再手动适当调节原子电荷。可参考此文J. Phys. Chem. C, 114, 5035-5042 (2010)

2.2 水在模拟过程中是可以自由移动的，你当前不是把水+MOF当做一个固定的整体来看待，目的就是得到MOF的原子电荷，显然要去掉水

2.3 仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

3.1 用UFF的参数

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