小小财 发表于 2018-4-23 16:41 1 你这个分析用哪个结构做的就用哪个结构对应的输入文件。或者直接用Multiwfn主功能100的子功能2保存出一个新的.gjf文件,这样坐标肯定和当前对应 2 可以 |
sobereva 发表于 2018-4-20 03:09 老师,您好,我想请教以下两个问题: 1、您说是在结构文件中添加虚原子,那这个结构文件是基态优化的文件还是激发态优化的文件呢,因为我发现我的分子中基态和激发态文件中原子的坐标不一致 2、使用Multiwfn输出的坐标,可以输出电子空穴的坐标,也可以计算电子密度差,输出正负位置的坐标,那这两种情况是否都可以用加虚原子的方式,在gview中标出来呢,谢谢! |
自行在结构文件里添加虚原子X,坐标设成Multiwfn输出的质心坐标,在gview就能显示出来了 用VMD更方便,直接就有绘图命令,比如载入结构后,输入draw sphere { 0 0 0 } radius 3 resolution 15就是在(0,0,0)处画一个半径为3的球 |
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