关于graphene的top文件的问题

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发布时间: 2018-4-27 20:55

sob老师，您好！我看过您写的关于生成“碳纳米管”top文件的文章，同样可以用在石墨烯上。使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.htmlAmber与Gromacs读入碳纳米管的方法[ur ...

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sobereva 发表于 Post on 2018-4-28 10:33:44

虔诚的人发表于 2018-4-28 08:45
嗯嗯，谢谢sob老师。我还是不明白为什么会生成360° 和180°两种二面角，我认为都应该是180°或者0°（36 ...

看二面角涉及的原子序号，以及二面角的角度记录规则，就能明白

虔诚的人 发表于 Post on 2018-4-28 08:45:21

sobereva 发表于 2018-4-27 21:18
不用在意那么多，just try，能跑起来就行了，就说明合理性了。平衡坐标那么点差异无所谓，光靠dihedral足够 ...

嗯嗯，谢谢sob老师。我还是不明白为什么会生成360° 和180°两种二面角，我认为都应该是180°或者0°（360°）

sobereva 发表于 Post on 2018-4-27 21:18:35

不用在意那么多，just try，能跑起来就行了，就说明合理性了。平衡坐标那么点差异无所谓，光靠dihedral足够维持石墨烯形态了。

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