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orca中优化时使用m062x/6-11g**应该怎么输入,此外怎么在orca中进行零点能校正

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发布时间: 2018-4-28 10:26

正文摘要:

各位老师同学请教下 1.在orca中优化时使用m062x/6-11g**应该怎么输入呢?手册上没有找到2.此外怎么在orca中进行零点能校正,比如在gaussian 中m062x/6-11g**的ZPE的校正因子是0.97,那么在orca中怎么校正呢?

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snljty2 发表于 Post on 2022-5-24 21:16:49
本帖最后由 snljty2 于 2022-5-24 21:18 编辑
王若曦 发表于 2022-5-24 16:38
阅读各位老师的帖子,我将关键词改成了numfreq,可是用m062x进行激发态结构优化和频率分析时系统还是报错, ...

你再认真看一遍,说的是解析梯度都没有。Hessian需要二阶导数,半数值的也需要一阶解析导数。趁早放弃。要么换泛函,要么换软件。另外这个问题和本贴没什么直接关系。
王若曦 发表于 Post on 2022-5-24 16:38:29
阅读各位老师的帖子,我将关键词改成了numfreq,可是用m062x进行激发态结构优化和频率分析时系统还是报错,请教一下这是什么原因啊?虽然out文件中说GGA类型的泛函没法做解析频率的计算,但是我已经改成了数值频率了。(ps:已附上我的inp和out文件截图)

202205241637176799..png (15.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

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长颈鹿先森 发表于 Post on 2018-5-3 11:50:48
本帖最后由 长颈鹿先森 于 2018-5-3 18:53 编辑
sobereva 发表于 2018-5-3 00:42
升温对焓增加的频率校正因子,以及熵的校正因子,通常都比较接近于1,因此算这部分的时候可以无视频率 ...
老师我已经懂了
我仔细看了下热力学量的计算公式之后,得出的结论
Thermal correction to Enthalpy(gaussian)=ZPE+Total correction+Thermal Enthalpy correction (ORCA)
根据G=H-T*S;G=E+ZPE+△H-T*S: Thermal correction to Gibbs Free Energy(gaussian)=For completeness - the Gibbs free enthalpy minus the electronic energy(orca)
sobereva 发表于 Post on 2018-5-3 00:42:07
长颈鹿先森 发表于 2018-5-2 20:07
感谢sob老师的耐心回复,我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒,A---> ...


升温对焓增加的频率校正因子,以及熵的校正因子,通常都比较接近于1,因此算这部分的时候可以无视频率校正因子,但是ZPE校正因子最好考虑。
根据具体输出,搞清楚热力学量的计算公式,手动处理就完了
如果搞不清楚输出,就在Gaussian和ORCA下都用HF/STO-3G对相同结构做振动分析,对比结果马上就明白了
sobereva 发表于 Post on 2018-5-3 00:38:29
长颈鹿先森 发表于 2018-5-2 20:35
请问老师我写的这个对吗?,此外加校正后的校正因子我是不是用B3LYP/6-311G**的校正因子就行

不对
频率校正因子是乘到频率上,然后用校正过的频率代入到热力学量计算公式里
仅对于ZPE,将频率校正因子直接乘到ZPE上,和先把校正因子乘到频率上再计算ZPE是一码事
公式在此程序文档里都有
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
长颈鹿先森 发表于 Post on 2018-5-2 20:07:09

感谢sob老师的耐心回复,我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒,A--->B+C,在orca中应该用哪个能量呢?
gaussian中是计算反应前后(考虑ZPE、焓和熵校正因子后)的吉布斯自由能变化;但是orca中应该怎么考虑校正呢,几何优化之后输出文件中ZPE的值乘上ZPE校正因子然后加上高水平计算的单点能的输出文件中的FINAL SINGLE POINT ENERGY这是考虑零点能校正后的电子能量是吗?
想在orca中得到校正后的反应焓值用于计算BDE;校正后的吉布斯自由能算反应势垒,不知道该用哪个能量,怎么校正?
sobereva 发表于 Post on 2018-5-1 18:42:47
长颈鹿先森 发表于 2018-5-1 16:53
谢谢老师, 在这个双杂化泛函级别下计算出来的能量精度也好可以被接受吧

可以
长颈鹿先森 发表于 Post on 2018-5-1 16:53:53
sobereva 发表于 2018-5-1 13:23
双杂化那样用可以
CCSD(T)/cc-pVDZ-F12,即便10个原子,只有四核时耗时也是很高的,实际测试一下便知

谢谢老师, 在这个双杂化泛函级别下计算出来的能量精度也好可以被接受吧
sobereva 发表于 Post on 2018-5-1 13:23:27
长颈鹿先森 发表于 2018-5-1 11:08
此外,还有个问题,在orca中计算5~12原子的自由基和分子间的反应势垒、焓值等问题的时候,选择您推荐的RI ...


双杂化那样用可以
CCSD(T)/cc-pVDZ-F12,即便10个原子,只有四核时耗时也是很高的,实际测试一下便知
sobereva 发表于 Post on 2018-5-1 13:22:21
长颈鹿先森 发表于 2018-5-1 10:58
谢谢老师耐心的解释,刚开始学习orca,在orca中输入形式是:! B3LYP/G 6-311G** D3BJ Opt Freq tightSCF ...

直接写D3,默认就是BJ阻尼
长颈鹿先森 发表于 Post on 2018-5-1 11:08:08

此外,还有个问题,在orca中计算5~12原子的自由基和分子间的反应势垒、焓值等问题的时候,选择您推荐的RI-PWPB95 D3算单点,B3LYP/G 6-311G** D3BJ 优化,这个级别精度可以吧。我试了好几种方法算单点能,CCSD(T)-F12/RI 和DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ计算11原子的分子的单点能耗时太长了,可能是我电脑不行4核的,所以想着用您推荐的30~40原子的方法RI-PWPB95 D3来计算单点能,所以想问您这个级别计算10个原子甚至<10个原子的可不可以
长颈鹿先森 发表于 Post on 2018-5-1 10:58:25

谢谢老师耐心的解释,刚开始学习orca,在orca中输入形式是:! B3LYP/G 6-311G** D3BJ Opt Freq tightSCF pal4 就行是吗
sobereva 发表于 Post on 2018-4-30 22:28:17
长颈鹿先森 发表于 2018-4-30 21:11
老师感谢的回复,如果我只是想算分子的解离能,反应焓值、势垒,那利用B3LYP/6-311G**优化几何结构的时候 ...

有好处,建议加

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