Clara 发表于 2019-5-25 15:58
好的，谢谢老师，还有一个问题是是否可以直接使用multiwfn直接把图片中红圈中绿色的键取消显示呢？麻烦老 ...

那个不是键，估计是你选择了产生(3,+1)和(3,+3)拓扑路径所致。可以进入-5 Modify or print detail or export paths, or plot property along a path选项自行删掉相应的路径

sobereva 发表于 2019-5-25 03:01
在此文文末专门添加了说明
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobe ...

好的，谢谢老师，还有一个问题是是否可以直接使用multiwfn直接把图片中红圈中绿色的键取消显示呢？麻烦老师解答一下

Clara 发表于 2019-5-24 21:32
老师您好，我使用VMD作图之后一直显示有环临界点和笼临界点，如何去掉这个它们，只显示键临界点呢？

在此文文末专门添加了说明
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）

sobereva 发表于 2018-5-13 19:48
关掉depth cueing，这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

老师您好，我使用VMD作图之后一直显示有环临界点和笼临界点，如何去掉这个它们，只显示键临界点呢？

sobereva 发表于 2018-5-13 19:48
关掉depth cueing，这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

谢谢老师~~

新手囧囧 发表于 2018-5-13 17:37
sob老师，您看我用VMD做出来的图，后边的原子不如前边的原子看的清楚，但是转一下分子，又有其他原子不清 ...

关掉depth cueing，这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

严格、精确按照《Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图》http://sobereva.com/207博文所述设置：

我们也可以改用VDW球方式显示键径的每个点，这样键径更有质感。具体来说，在显示键径的那个Rep里把Drawing Method改为VDW，然后把界面中Sphere Scale选项修改得很小。但是会发现，最小也只能设为0.1，但此时键径显得还是太粗。为了设得更小，我们需要利用命令行。为了获取对应的命令行指令，我们选File - Log Tcl Commands to Console，然后随便修改一下Sphere Scale，文本窗口会出现比如mol modstyle 0 0 VDW 0.200000 12.000000。其中的0.2对应当前的Sphere Scale，将之改为较小的值，然后把命令粘贴到文本窗口里，比如用mol modstyle 0 0 VDW 0.02 12.000000，则显示键径的那个Rep对应的效果就是这样了：

不在现场，有些太“显而易见”的东西没法通过文字描述清楚。无非就那么几个按钮、选项，试试立马就清楚了

新手囧囧 发表于 2018-5-7 22:30
您好，我已经看过了，只是不明白如何显示出键径？按照方法做了，将path.pdb文件拖入VMD后，确定已选中此 ...

键径如果使用point方式显示不出来，可以用CPK方式显示，把CPK的键半径缩小至0，原子半径缩小到1即可

http://sobereva.com/207
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