xingyuan 发表于 2018-5-9 19:30
感谢老师，可是按照这样的做法还是遇到了问题。NH4+ + H20-->NH3 + H3O+这个反应，用柔性扫描的方法得到 ...

是

xingyuan 发表于 2018-5-9 11:59
好的好的，我老板也说要在溶剂的条件来算，那直接加上scrf(solvent=water)关键词，用这个模型可以吗？感 ...

可

lijiayisjtu 发表于 2018-5-9 09:32
scan是刚性扫描   opt=modredundant可来柔性扫描，在坐标末尾，空一行 可以扫描键长 比如B 1 2 S 10 -0.1 ...

好的，学习了。感谢

liyuanhe211 发表于 2018-5-8 23:42
刚才没注意图一图二反了，从IRC可以容易的看出，你找到过渡态是氢键复合物构象转变的过渡态（从其中一个H ...

好的好的，我老板也说要在溶剂的条件来算，那直接加上scrf(solvent=water)关键词，用这个模型可以吗？感谢感谢！！

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:38
吼吼，刚百度一下，我是用的#p opt=modredundant关键词，这个就是柔性扫描是吧。那我问题说scan命令有误 ...

scan是刚性扫描   opt=modredundant可来柔性扫描，在坐标末尾，空一行 可以扫描键长 比如B 1 2 S 10 -0.100扫描1和2原子间的距离，扫10步，在log文件的results应该会产生11帧，可以观察能量的变化，还可以扫描碱角，二面角或二维的势能面扫描，但柔性扫描比较费时间

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:30
感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程 ...

刚才没注意图一图二反了，从IRC可以容易的看出，你找到过渡态是氢键复合物构象转变的过渡态（从其中一个H形成氢键到另一个氢形成氢键的过渡态），不是质子转移。

看到你输入没有溶剂化，找这种有明显电荷转移的过程必须要有充分的溶剂化，否则没有意义。有的电荷分离的过程在气相本来就没有过渡态。

UHF/3-21G渣我应该就不用说了，就算是“算着玩一玩”也没有意义，没有极化函数定性都是错的，几何机构能差到天上，鬼知道会出现什么情况

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:30
感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程 ...

柔性扫描看http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html中的专门小节

liyuanhe211 发表于 2018-5-8 22:09
能辅助过渡态搜索的是柔性扫描，不是scan
如果你想找质子转移，这过渡态没什么问题。你觉得应该是图一只能 ...

吼吼，刚百度一下，我是用的#p opt=modredundant关键词，这个就是柔性扫描是吧。那我问题说scan命令有误了。谢谢您。

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:30
感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程 ...

liyuanhe211 发表于 2018-5-8 22:09
能辅助过渡态搜索的是柔性扫描，不是scan
如果你想找质子转移，这过渡态没什么问题。你觉得应该是图一只能 ...

感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程不应该在两个分子之间吗？再次万分感谢您的回答。

能辅助过渡态搜索的是柔性扫描，不是scan
如果你想找质子转移，这过渡态没什么问题。你觉得应该是图一只能说明化学直观不好。。。 <--看错了图一和图二
只要操作正确、级别合理、其他设定没什么问题，过渡态优化收敛，虚频正确，IRC光滑且具有连接了底物和产物两端的极小点的趋势就是（一个）正确的、连接这两个极小点的过渡态。