计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

molclus安装及使用问题求助

查看数: 15930 | 评论数: 15 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2018-5-13 09:44

正文摘要:

按照老师的两篇博文(molclus和genmer的那俩)尝试了好几次,windows下要么不运行闪退,要么运行然后报错。molclus也没有输出任何输出文件。 使用的文件是运行genmer程序产生的traj.xyz文件。 谢谢老师!

回复 Reply

ncepu-stt 发表于 Post on 2023-12-4 20:52:05
xiaolinyang 发表于 2019-10-18 22:15
老师:您好,这样子是不是就算是安装好molclus  了的呢?@sobereva

您好。请问右边图片中的输入文件是哪个文件呢?
xiaolinyang 发表于 Post on 2019-10-19 19:11:00

好的   谢谢老师。
sobereva 发表于 Post on 2019-10-19 08:31:57
xiaolinyang 发表于 2019-10-18 22:15
老师:您好,这样子是不是就算是安装好molclus  了的呢?@sobereva

xiaolinyang 发表于 Post on 2019-10-18 22:15:15
老师:您好,这样子是不是就算是安装好molclus  了的呢?@sobereva

QQ图片20191018221420.png (89.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 68)

QQ图片20191018221420.png
sobereva 发表于 Post on 2019-8-5 01:55:43
欢乐多 发表于 2019-8-4 18:17
老师,Linux的molclus装上不能运行,这是哪问题?

输入./molclus  
一个可执行文件如果不在$PATH环境变量所定义的目录中,就得明确输入路径,这是Linux常识
欢乐多 发表于 Post on 2019-8-4 18:17:11
sobereva 发表于 2018-5-23 18:33
你把settings.ini里的gaussian_path设为实际g09.exe或g16.exe的路径。

你的系统太老,比我编译molclus ...

老师,Linux的molclus装上不能运行,这是哪问题?

TIM图片20190804181443.png (36.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

TIM图片20190804181443.png
sobereva 发表于 Post on 2018-5-23 18:33:11
万卷书万里路 发表于 2018-5-23 09:52
谢谢老师!
我试了好多次还是不行,所有文件已经放到当前目录下了,问您一下,5,6没有正确安装Gaussian, ...

你把settings.ini里的gaussian_path设为实际g09.exe或g16.exe的路径。

你的系统太老,比我编译molclus用的CentOS 7老。如果你不方便更新系统,联系我,我可以给你CentOS 6下编译的molclus
万卷书万里路 发表于 Post on 2018-5-23 09:52:35
sobereva 发表于 2018-5-16 18:00
1、2:当前目录没有traj.xyz

3:template.gjf不在当前目录

谢谢老师!
我试了好多次还是不行,所有文件已经放到当前目录下了,问您一下,5,6没有正确安装Gaussian,也不提示下哪里错了吗,我重新安了一遍也不行。

之后我又换了linux的版本去试,结果也是出错
./molclus: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./molclus)
请问老师这又是什么意思?

sobereva 发表于 Post on 2018-5-16 18:00:47
1、2:当前目录没有traj.xyz

3:template.gjf不在当前目录

5、6 没有正确安装Gaussian

当前目录是指的你当前提示符所对应的目录,即C:\Users\666666。尽量别把程序放到中文路径下,否则容易出现奇怪现象。
sobereva 发表于 Post on 2018-5-15 06:50:32

file not found那一句提示了,settings.ini不在当前目录
sobereva 发表于 Post on 2018-5-14 12:57:41
万卷书万里路 发表于 2018-5-14 10:46
谢谢老师!
我把windows下的文件按要求改了,1,2,3,4项都改好了,然后运行molclus,也是闪退,但是这次 ...

先进入cmd(windows的命令行环境),执行molclus,这样出错时候不会自动关闭窗口。把此时的截图发上来,从提示上通常能找到原因
万卷书万里路 发表于 Post on 2018-5-14 10:46:55
sobereva 发表于 2018-5-13 19:29
1 settings.ini里需要改什么就改什么,别删除其它的

2 正如《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象 ...

谢谢老师!
我把windows下的文件按要求改了,1,2,3,4项都改好了,然后运行molclus,也是闪退,但是这次产生了一个gau.gjf,我查了下电脑,发现Gaussian没有在运行。产生的isomer.xyz文件还是0KB。
应该是还没调用gaussian?还是其他的问题?
谢谢~

gau.gjf

5.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

settings.ini

1.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

template.gjf

65 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

traj.xyz

88.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 23:42 , Processed in 0.166714 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list