AMD Zen2架构处理器与linux版Gaussian的兼容性问题？（已解决）

pika02 · 发表于 Post on 2020-2-21 20:22:18

本帖最后由 pika02 于 2020-2-23 00:51 编辑

我最近装了一台R9 3950x主机，MSI的B450板子，已更新最新bios（2019-11-12），在尝试几个版本的Gaussian时出现了各种问题：

① G09W D.01，直接卡死在l302或l401

我在学校时用过Zen架构的R5 1400跑过此版本，未出现问题。
（20200223更新）并非Zen2的锅，应该是g09w的bug，社长之前的帖子里也提到

测试了一下2696v3、Win10-64bit，G09W和G16W皆32bit，现象相同，都在302永久卡住。无论核数，内存设多少都不过去。半经验的L401同样卡住。应该是程序bug

② linux版G16 A.01，AVX2和SSE4.2版本都直接报错误“Error: illegal instruction , illegal opcode”，这是与CPU不兼容时报的错。
我在Ubuntu 18.04 LTS（WSL，VMWare和实体机）和CentOS7（VMWare）上测试过，都报该错误。

这个问题日本的計算化学.com上也有提到（https://computational-chemistry. ... 9/09/05/zen2-linux/）：

Gaussian のインストール
早速 Gaussian16 revB01 を Ryzen 3900x でインストールして動かそうとしましたが、
Error: illegal instruction, illegal opcode
というエラーが出てしまい、うまく行きませんでした。
最初は、どう対処したら良いか全く分からなかったのですが、Gaussian16 revC01 に変えたら動きました！理由は、よく分かりません。
revC01 のリリース日は 7 月なので、ZEN2 に対応しているとも考えづらいです。。。

作者（X570芯片组）用G16 B.01出错，而C.01就没问题，原因尚不清楚。

我目前用G16W A.03和linux版G09 E.01，G16 B.01 SSE4.2没有发现问题，windows版ORCA 4.2.1也没问题。

总之，Zen2的CPU有点奇怪，上文博主也提到3900x刚发售的时候各种linux发行版安装/启动失败的情况，之后通过bios更新部分解决了问题。
如果你们单位的site licence是上述较老版本Gaussian，干脆Intel Yes就完事了。

===========20200222===========
按照楼下的方法，环境变量中添加

export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge

复制代码

G16 A.01 AVX2也成功在3950x上运行起来了。

biogon · 发表于 Post on 2020-2-21 23:06:13

ubuntu18lts在用qs的epyc7702倒是能正常跑g16a03，不知道消费者平台是什么情况
g09w使用在l302卡死乃是bug，什么平台都见过这种情况

pika02 · 发表于 Post on 2020-2-21 23:13:50

biogon 发表于 2020-2-21 23:06
ubuntu18lts在用qs的epyc7702倒是能正常跑g16a03，不知道消费者平台是什么情况
g09w使用在l302卡死乃是bug ...

请问你的a03是哪个指令集版本？

biogon · 发表于 Post on 2020-2-21 23:23:28

pika02 发表于 2020-2-21 23:13
请问你的a03是哪个指令集版本？

avx2，我没有sse4.2的

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-21 23:34:03

l302卡死，用64bit windows Gaussian可以避免。不过鉴于速度太慢，没什么实际价值

pika02 · 发表于 Post on 2020-2-21 23:37:55

sobereva 发表于 2020-2-21 23:34
l302卡死，用64bit windows Gaussian可以避免。不过鉴于速度太慢，没什么实际价值

确实，linux版g16就算在虚拟机里都能比g16w快一倍

catenarygong · 发表于 Post on 2020-2-22 02:22:40

本帖最后由 catenarygong 于 2020-2-22 02:33 编辑

好像zen1架构的兼容性略好一些

我1700X和2950X用G16 A.01的SSE版本和AVX2版本都没有遇到问题
ORCA一直没有问题

zen2架构我没有试过计算软件，不知道什么情况
而且有的时候兼容性和Linux内核的版本还有关系，我之前遇到过5820K不能运行ORCA的情况，更新Linux内核之后就好了

QM软件现在大家都用预编译的二进制包，在Linux系统上兼容性真的很难搞

baisl · 发表于 Post on 2020-2-22 17:48:09

朋友新组了一个3900x，试了一把高斯，用的Vmware15虚拟机，centOS-7.6系统，AVX2版本的Gaussian 16, Revision B.01。一开始不识别指令集，报错L302，加了一个环境变量export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge, 就没毛病的运行了，没有报错Error: illegal instruction , illegal opcode。我是正版也就是高斯公司邮寄过来的光盘里的版本去安装的，不知道和这个有没有关系。

pika02 · 发表于 Post on 2020-2-22 20:10:18

baisl 发表于 2020-2-22 17:48
朋友新组了一个3900x，试了一把高斯，用的Vmware15虚拟机，centOS-7.6系统，AVX2版本的Gaussian 16, Revisi ...

我才知道这个操作，高斯的代理墨灵格官方也提到

Gaussian采用PGI编译，目前无法正确识别新的AMD CPU,因此无法识别Zen+构架的AVX2指令集，导致AVX2指令集的Gaussian无法在Zen+构架下使用，并且报错
……
此时需要额外设定环境变量以解决这个问题：

export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
复制代码

这是相当于把zen+当作sandybridge了？

biogon · 发表于 Post on 2020-2-23 00:16:12

pika02 发表于 2020-2-22 20:10
我才知道这个操作，高斯的代理墨灵格官方也提到
这是相当于把zen+当作sandybridge了？

这个还是第一次听说，我用2600跑都没遇见过这种问题

天道啊啊 · 发表于 Post on 2020-2-28 13:07:20

楼主你的主板是微星的哪个B450? 开PBO了没？散热器用的哪个？我最近打算整个3950X的主机，选主板纠结X570还是B450，怕B450的供电扛不住PBO

pika02 · 发表于 Post on 2020-2-29 02:58:10

天道啊啊发表于 2020-2-28 13:07
楼主你的主板是微星的哪个B450? 开PBO了没？散热器用的哪个？我最近打算整个3950X的主机，选主板纠结X570 ...

https://pikakolendo.hatenablog.com/entry/2020/02/20/024006
PBO全自动，电压offset -0.875V，单烤fpu非常稳，不往死里超频的话供电完全没问题
B450的话可以考虑迫击炮以上等级的主板，我在学校有一块战斧导弹，供电非常好，可惜我一时半会也拿不到了

天道啊啊 · 发表于 Post on 2020-3-4 10:52:03

本帖最后由天道啊啊于 2020-3-4 11:03 编辑

pika02 发表于 2020-2-29 02:58
https://pikakolendo.hatenablog.com/entry/2020/02/20/024006
PBO全自动，电压offset -0.875V，单烤fpu ...

我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右，温度95，觉得散热不是很好。我用WIN10跑ORCA，指定pal16，温度75左右全核心4G，CPU总利用率总体只有50%,觉得有点奇怪

pika02 · 发表于 Post on 2020-3-4 13:12:36

本帖最后由 pika02 于 2020-3-4 14:40 编辑

天道啊啊发表于 2020-3-4 10:52
我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右， ...

任务管理器里看的利用率不准的，具体可以参考社长博文关于超线程的
我试过强行设成32核跑，占用率看着到100%了，但最终速度一点都没变快

乔思伯t8挺闷罐的吧，而且只能上这种很矮的散热器，那肯定不太行，你用什么硅脂？
我不降压全核3.9跑fpu才70多度
哦对，技嘉主板的电压管理有点问题，具体记不清了，最好不要超频

monoyu · 发表于 Post on 2020-3-4 13:19:12

天道啊啊发表于 2020-3-4 10:52
我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右， ...

用下压式风冷压3950X？

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[配置讨论] AMD Zen2架构处理器与linux版Gaussian的兼容性问题？（已解决）

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