计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8067|回复 Reply: 27
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题

[复制链接 Copy URL]

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

本帖最后由 Aristotler 于 2022-2-15 20:13 编辑

各位老师,同学大家好!我遇到如下难题:在计算包含PF6-离子的电解液结构时,我采用GAFF力场建立了PF6-的拓扑文件(如图1)。然而在计算产生相的时候,该结构会严重失真变形(如图2)。
特此请教老师、同学们:
(1)是不是GAFF力场无法描述PF6-阴离子?能否告知造成上述现象的原因?
(2)采用OPLS力场能否解决该问题?或者有哪些可以尝试的方法来解决此问题?
谢谢大家!

2.png (36.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

图2

图2

1.png (123.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

图1

图1

908

帖子

37

威望

5435

eV
积分
7083

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-2-15 21:36:33 | 只看该作者 Only view this author
可以用ztop
另外这个分子这么简单
手动把平衡键角和键长改为量化计算结果就行

859

帖子

16

威望

5084

eV
积分
6263

Level 6 (一方通行)

小屁孩

3#
发表于 Post on 2022-2-16 01:51:15 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2022-2-15 21:36
可以用ztop
另外这个分子这么简单
手动把平衡键角和键长改为量化计算结果就行

哈哈,钟叔为ztop的推广操碎了心
我将助一臂之力(
- 向着虚无前进 -

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-16 07:08:14 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2022-2-15 21:36
可以用ztop
另外这个分子这么简单
手动把平衡键角和键长改为量化计算结果就行

谢谢你,我尝试一下。另外我这个结构已经是量化计算过的,为何算产生相的时候会变形呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-2-16 09:57:31 | 只看该作者 Only view this author
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件
http://sobereva.com/soft/Sobtop下载Sobtop

程序自带了SF6的例子:
双击Sobtop.exe启动,然后输入(含义看屏幕上的提示)
examples\SF6\SF6.mol2
2
[回车]
-1
4
1
2
2
examples\SF6\SF6.fchk
[回车]
[回车]

当前目录下已经有了SF6.itp、SF6.top和SF6.gro。此例原子类型都是GAFF的,平衡键长来自SF6.fchk,力常数使用DRIH方法产生,并且考虑了键-键耦合项。最后,用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)原子电荷加进去即可,参考
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html

对于你自己的情况,对PF6-用Gaussian或ORCA做opt freq,最终结构保存为PF6-.mol2文件,chk文件转换成PF6-.fch文件(或者用ORCA做freq后产生的.hess文件代替fch/fchk文件),按照上面操作即可。

Sobtop非常普适,对于各类乌七八糟的分子,带过渡金属的、带硼的、聚合物等等,都能产生能用的拓扑文件。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +7 收起 理由
Reason
Aristotler + 5 谢谢
牧生 + 2 牛!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1480

帖子

0

威望

4543

eV
积分
6023

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-2-16 10:51:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

我是不是可以这样理解,Sobtop产生的top质量高,主要是因为用了量化软件计算了相关的键长,力常数等。

但另一方面,如果是绝对新手来使用这个软件,会不会因为不会做量化计算而被劝退,或者量化计算的结果质量不高而导致top的质量不高。相比之下,acpype的在线服务器就很傻瓜化。

能不能有个简单的脚本,直接用最正确的关键词,调用orca在当前目录下得到.hess文件,这样降低使用门槛。
又菜又爱玩

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2022-2-16 10:52:31 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-2-16 10:51
我是不是可以这样理解,Sobtop产生的top质量高,主要是因为用了量化软件计算了相关的键长,力常数等。

...

Sobtop考虑极为周到,提供了丰富的选项,你想直接全都用GAFF的参数就能用,120%可以彻底代替acpype,而且没acpype那么多破事(成键特殊的、有GAFF不支持元素的就产生不出来拓扑文件,对巨大体系产生拓扑文件极慢或者失败,gview产生的mol2里Ar必须手动改成ar,等等)。而且拓扑文件里每个力场参数的来源都标得清清楚楚,用户自己改也很好改,还不需要安装臃肿的ambertools也不需要Python环境,等等,Sobtop还有很多优点

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

1

威望

3805

eV
积分
4061

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2022-2-16 12:59:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 10:52
Sobtop考虑极为周到,提供了丰富的选项,你想直接全都用GAFF的参数就能用,120%可以彻底代替acpype,而且 ...

小白的福利,谢谢大神

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-16 16:17:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

万分感谢卢老师的详尽指导!!!

859

帖子

16

威望

5084

eV
积分
6263

Level 6 (一方通行)

小屁孩

10#
发表于 Post on 2022-2-16 17:51:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 10:52
Sobtop考虑极为周到,提供了丰富的选项,你想直接全都用GAFF的参数就能用,120%可以彻底代替acpype,而且 ...

感觉要和钟叔卷起来了呀,Sobtop有傻瓜式拟合二面角的功能吗
- 向着虚无前进 -

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2022-2-16 18:46:17 | 只看该作者 Only view this author
Entropy.S.I 发表于 2022-2-16 17:51
感觉要和钟叔卷起来了呀,Sobtop有傻瓜式拟合二面角的功能吗

没有
Sobtop里提供了多种获得谐振势的k的方法,二面角拟合暂时没时间加,但以后有功夫时可能为了完整性考虑加上
其实二面角拟合本身很简单,算法都有现成的,比如J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 1978−1986给出了拟合多个二面角的解析方法。但要想把这个功能做完美,则需要考虑乱七八糟事,特别是如果不限定phase为0或180度而将phase也作为可变参数的话,拟合将会成为非线性问题,会牵扯到收敛到局部极小点问题,还得考虑全局优化问题。
Sobtop可以直接指认GAFF扭转势,而且GAFF扭转势有许多通配项,对大多数有机的情况都够用了(当然,自己拟合肯定精度更好)。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-16 19:11:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

卢老师,我下午一直在尝试打开sobtop.exe 但提醒:无法定位序数270于动动态链接库,尝试换了三台电脑,以及google 说在系统目录下添加wldcore.dll 文件,均无果,依然显示上述警告,请老师帮助答疑

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2022-2-16 19:16:48 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2022-2-16 19:11
卢老师,我下午一直在尝试打开sobtop.exe 但提醒:无法定位序数270于动动态链接库,尝试换了三台电脑,以 ...

之前没在里面放libiomp5md.dll,我刚才放进去了,重新下载应当能直接用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-16 19:18:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 19:16
之前没在里面放libiomp5md.dll,我刚才放进去了,重新下载应当能直接用

感谢老师,我这边也能用了

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-16 20:40:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

总觉得科研界还是要多有卢老师这样的指导者,业界良心。对于我们这种完全靠自己、没有人带领的年轻老师或者学生来说,做计算真是艰难险阻,投路无门。但从我读硕士、到博士,再到现在做一名青椒,向卢老师请教了很多问题,也参加多次培训,受益匪浅。也希望大家多参与卢老师的培训班,同时也感谢卢老师提供的公社平台以及贡献的软件。还要请问卢老师使用该软件如何致谢或引用?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 17:45 , Processed in 0.184077 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list