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[Quantum ESPRESSO] Quantum ESPRESSO在Linux下用intel编译

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本帖最后由 llc 于 2023-10-30 16:46 编辑

Intel 编译QE-7.0


0. 前言

按照sob老师的帖子Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)在我工作站上安装时,总是会有许多warning导致编译不成功(  我工作站的cpu为EPYC 7v12,128核,系统为Rocky Linux 9.1),更换qe和mpi版本都无济于事,于是尝试安装Intel编译器,顺利编译qe7.0。

1. 安装intel编译器
      首先去官网下载Download the Intel oneAPI HPC Toolkit安装包 l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh 和 l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh,前一个是编译器,后面一个是mkl库,都下最新版本即可。然后上传到服务器。
      我这里以普通用户来进行安装。执行以下命令:
      chmod +x l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh  ##给文件执行权限
   ./l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh ##执行安装文件
然后会有提示,按上下左右键进行选择,一步步安装直到最后出现Modify选项的时候,代表安装结束。
   以同样的方法安装mkl库:
   chmod +x l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh
   ./l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh
    intel 默认按装在用户目录,比如我的就是安装在/home/llc/下面,此时此目录下会有一个intel的文件夹,里面就是Intel加mkl库了。进入目录 /home/llc/intel/oneapi/,会发现有两个可执行文件,modulefiles-setup.sh和setvars.sh,前者用于生成一个路径文件,执行./modulefiles-setup.sh后,该目录下会多一个 modulefiles的 文件夹,里面有各种变量的路径。然后执行
source ./ setvars.sh
将刚才产生的变量导入进当前shell窗口。此时可以执行以下命令查看是否安装成功:

icc --version
icpc --version
ifort --version
mpirun --version
echo $MKLROOT

如果可以正常输出,代表安装成功。此时环境的编译器都为intel的了。

2. 安装QE
   官网下载qe安装包https://github.com/QEF/q-e/releases,解压,tar -zvxf qe-7.0-ReleasePack.tgz,进入解压出来的目录qe-7.0,执行
      ./configure  ##./configure后面可以加诸如--disable-parallel的指令,具体解释看Quantum ESPRESSO tutorial: Installation (uniud.it)
      make all install -j
没报错的话,qe-7.0目录会出现bin目录,里面有各种.x结尾的可执行程序,代表安装成功。

3. 添加路径
添加Intel编译器路径:source /home/llc/intel/oneapi/setvars.sh      #注意换成你自己的路径
添加QE路径:export PATH=$PATH:/home/llc/software/qe-7.0/bin/
此时重新打开终端就可以使用QE了

为了使 icc 和 gcc 隔离开,可以添加限制条件,使得输入特定指令之后才能加载intel编译器以及mkl数学库。这样不至于混乱,出现用gcc编译的软件不能用的情况。
alias qe70='export useqe70=Y;source ~/.bashrc'
if [ "$useqe70" == "Y" ]
then
        export PATH=$PATH:/home/llc/software/qe-7.0/bin/
        source /home/llc/intel/oneapi/setvars.sh
fi
这样打开新的终端时,不直接打开intel编译器,也不加载QE路径。只有在终端输入”qe70“时,才会加载intel编译环境和QE的路径。

4. 测试
     请参照sob老师的帖子Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)




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发表于 Post on 2023-10-18 14:29:37 | 只看该作者 Only view this author
今天按照教程试了,谢谢大佬分享。有几个地方要完善一下,步骤1中的Intel的安装路径如果用root安装,那么就在/opt/下。如果有报错,还需要更换intel编译器。在./configure 命令后加 CC=icc F77=ifort CXX=icpc F90=ifort

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-19 09:38:59 | 只看该作者 Only view this author
Kitkim 发表于 2023-10-18 14:29
今天按照教程试了,谢谢大佬分享。有几个地方要完善一下,步骤1中的Intel的安装路径如果用root安装,那么就 ...

多谢完善root用户的安装方法。

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发表于 Post on 2024-2-22 12:22:52 | 只看该作者 Only view this author
有大佬知道怎么下载新版本的oneapi吗,我的Linux操作系统太旧了

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发表于 Post on 2024-2-22 12:33:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 logzzz 于 2024-2-22 12:35 编辑
Yara 发表于 2024-2-22 12:22
有大佬知道怎么下载新版本的oneapi吗,我的Linux操作系统太旧了
wget https://registrationcenter-downl ... 4.0.1.38_offline.sh

wget https://registrationcenter-downl ... 4.0.1.46_offline.sh


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发表于 Post on 2024-2-22 16:32:54 | 只看该作者 Only view this author
logzzz 发表于 2024-2-22 12:33
wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/67c08c98-f311-4068-8b85-15d79c4f277 ...

不好意思,我发错了。应该是怎么下载旧版本的oneapi,因为我的操作系统比较旧,所以新版本的安装不上去

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发表于 Post on 2024-2-22 23:32:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 logzzz 于 2024-2-23 09:27 编辑
Yara 发表于 2024-2-22 16:32
不好意思,我发错了。应该是怎么下载旧版本的oneapi,因为我的操作系统比较旧,所以新版本的安装不上去

最旧的就是2021版

https://registrationcenter-downl ... 3.0.3219_offline.sh

https://registrationcenter-downl ... 3.0.3230_offline.sh

我感觉Intel® Parallel Studio XE可以用的,我用2018的编一切,啥问题没有。。这个oneapi我还没用顺手。。

(链接来自于某乎:https://zhuanlan.zhihu.com/p/670055380,标注出处)

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发表于 Post on 2024-10-23 18:55:18 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主有试过安装qe 7.3.1,我用楼主帖子说的同样方法可以安装qe 7.0,但是安装qe 7.3.1就不行

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发表于 Post on 2024-11-13 14:04:44 | 只看该作者 Only view this author
Eternal 发表于 2024-10-23 18:55
请问楼主有试过安装qe 7.3.1,我用楼主帖子说的同样方法可以安装qe 7.0,但是安装qe 7.3.1就不行

最近几个版本识别新的mkl就是有问题

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