求助：从CCDC晶体数据库下载MOF模型，导入MS软件构建问题

jjb · 发表于 Post on 2023-4-20 11:36:14

各位老师们好，我从CCDC晶体数据库下载了ZIF-8的cif模型文件，但导入到materials studio软件中，发现其中有几个碳连接了六个氢原子，还有的键显示断掉了，但我扩胞后自动加氢，显示正常（连接三个），但还是有键显示未连接，想请教这个问题是正常情况吗，是因为盒子的大小限制了他这种情况吗，对后面MD模拟和相关计算有没有影响，非常感谢老师们的解答

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-20 14:07:56

因为XRD测试的时候H原子测不准，你下载到的cif文件没有经过精修。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-20 14:10:49

这个是干净的cif文件

jjb · 发表于 Post on 2023-4-20 14:11:01

slxc920113 发表于 2023-4-20 14:07
因为XRD测试的时候H原子测不准，你下载到的cif文件没有经过精修。

感谢回答，请问这个问题怎么解决，我下载了好几个都这样，需要一个一个改吗

jjb · 发表于 Post on 2023-4-20 14:17:44

slxc920113 发表于 2023-4-20 14:10
这个是干净的cif文件

太感谢了，这个氢没有问题了，但我打开这个还有键是单着的，这个问题是不是因为盒子的问题，我看盒子对立面的缺失正好是补在一起的，这个问题是正常情况吗

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-20 14:34:27

jjb 发表于 2023-4-20 14:11
感谢回答，请问这个问题怎么解决，我下载了好几个都这样，需要一个一个改吗

找专门的MOF数据库

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-20 14:34:55

jjb 发表于 2023-4-20 14:17
太感谢了，这个氢没有问题了，但我打开这个还有键是单着的，这个问题是不是因为盒子的问题，我看盒子对立 ...

周期性结构的截断而已，没关系

thor · 发表于 Post on 2023-4-22 09:48:47

jjb 发表于 2023-4-20 14:11
感谢回答，请问这个问题怎么解决，我下载了好几个都这样，需要一个一个改吗

在专门的数据库里面找，比如snurr他们的CoRE MOF ,hMOF，结构很多。raspa自己也带了很多结构

jjb · 发表于 Post on 2023-5-17 15:52:59

thor 发表于 2023-4-22 09:48
在专门的数据库里面找，比如snurr他们的CoRE MOF ,hMOF，结构很多。raspa自己也带了很多结构

您好，请问您是如何使用CoRE MOF 数据库的，我看下载的文件名字和MOF的命名不太一样

thor · 发表于 Post on 2023-5-17 16:41:25

jjb 发表于 2023-5-17 15:52
您好，请问您是如何使用CoRE MOF 数据库的，我看下载的文件名字和MOF的命名不太一样

你说的MOF命名是什么意思？HKUST-1这种？

jjb · 发表于 Post on 2023-5-17 17:27:21

thor 发表于 2023-5-17 16:41
你说的MOF命名是什么意思？HKUST-1这种？

是的，但我下载后都是这种，就很难确定哪个是
ABESUX clean.cif
ABETAE clean.cif
ABETIN clean.cif
ABEXEM C Lean .cif
ABEXEN clean.cif

lzhzzzz · 发表于 Post on 2023-8-8 21:53:40

jjb 发表于 2023-5-17 17:27
是的，但我下载后都是这种，就很难确定哪个是
ABESUX clean.cif
ABETAE clean.cif

把clean前的名称复制在ccdc里可以看到原文，应该就能对应常用命名了。不过批量的方法我也没找到。

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