柔性扫描两个原子间键长问题

大慧慧

想用柔性扫描2号氧和5号碳原子之间距离，但是打开输出文件发现扫描的是1号氢和三号碳两个原子间的距离，想问一下为什么

zjxitcc

请贴出输入文件gjf

大慧慧

zjxitcc 发表于 2018-5-20 19:29
请贴出输入文件gjf

输入文件如下
%chk=s.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=c6h6)

Title Card Required

0 1
C                 -1.21354200    1.63761800   -1.41904700
O                 -1.07126500    2.89653600   -0.91867900
C                  0.88603600   -1.82178600   -0.64798700
C                  3.51612100    0.32643900    0.71745900
C                  1.27002000    0.39994700   -0.06868800
C                  2.86035400    1.64267800    1.18718500
H                  3.46107600   -0.42252100    1.51623000
C                  1.33601300    1.39479100    1.05340500
H                  3.14837200    1.91999700    2.20331700
N                  0.31989200   -0.61518700   -0.20343800
O                  0.26741000   -2.83281700   -0.90698100
C                  2.39638200   -1.62067500   -0.72845000
H                  2.75355100   -1.96722700   -1.69924200
C                  2.63023000   -0.12145400   -0.46764000
H                  4.56773800    0.44650700    0.44583600
H                  2.98565600    0.36746700   -1.38441200
H                  2.85967900   -2.25873200    0.03165100
H                  3.16035200    2.46279500    0.52715900
C                 -3.03984600   -1.23848800    1.24798400
C                 -1.69337300   -1.37168800    0.93330800
C                 -1.07258400   -0.45279700    0.07956500
C                 -1.80693400    0.61091600   -0.47204900
C                 -3.15899700    0.73040900   -0.13039800
C                 -3.77742100   -0.17950000    0.71939900
H                 -3.50991300   -1.95758000    1.90908800
H                 -1.11428100   -2.18636600    1.34819100
H                 -3.73179000    1.55139000   -0.54937100
H                 -4.82751700   -0.06748500    0.96425700
H                 -1.82458000    1.69949800   -2.34334800
H                 -0.22566000    1.31759600   -1.80516400
H                  0.92194800    0.95727900    1.97367600
H                  0.77219400    2.31549000    0.86719700

2 5 S 22 -0.1

zjxitcc

你是不是搞错文件了啊···你这贴出的文件1号原子是C，图上却标着1号原子是H。还有你这原子标号怎么看上去有的显示，有的没显示，有点乱

大慧慧

zjxitcc 发表于 2018-5-21 15:38
你是不是搞错文件了啊···你这贴出的文件1号原子是C，图上却标着1号原子是H。还有你这原子标号怎么看上去 ...

最后扫描的2号氧和32号氢之间的距离

zjxitcc

贴出log文件