在用psfgen生成psf文件的时候在加氢这一步出现了奇怪的结构

喵帕斯 · 发表于 Post on 2018-7-18 16:25:05

本帖最后由喵帕斯于 2018-7-18 16:39 编辑

如图，卟啉环的氢加得很不合理。之前用Charmm做的时候也出现了类似的情况，当时修改了一下力场参数文件就好了，不过psfgen在生成psf的时候似乎没有读取力场参数文件，请问该怎么办

comchemyu · 发表于 Post on 2018-8-11 09:11:17

如果连接顺序正确的话，不用太担心加的氢位置不合理。在跑MD之前都要优化结构的，在minimization时，这些氢就会跑到正确的位置了

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on 2023-3-19 23:45:19

您好可以问一下psfgen用conda下载的最新版在哪里下马

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