请问如何计算轨迹中的熵贡献

alystone · 发表于 Post on 2018-9-19 08:47:56

本帖最后由 alystone 于 2018-9-19 09:01 编辑

请问各位老师，在gromacs或者amber中，我想知道熵对我的对接体系的贡献有多大，该用哪个工具进行计算，谢谢。

wangyanforward · 发表于 Post on 2018-9-19 09:46:59

AMBER中的MMPBSA计算模块就可以对蛋白小分子复合物体系的结合自由能进行计算（包含熵部分）。具体操作参看一下AMBER官网教程：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/index.htm

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-19 10:19:35

如上所说，mmpbsa计算过程中可以进行振动分析，从而给出熵效应的影响。但是很多文章指出这样算出的熵效应不准确（而且又很耗时），考虑熵效应后精度比起不考虑也没啥显著改进

k64_cc · 发表于 Post on 2018-9-19 11:16:49

先拿自由能，然后统计两个state的<U>，减掉就是熵效应。

alystone · 发表于 Post on 2018-9-19 11:38:14

wangyanforward 发表于 2018-9-19 09:46
AMBER中的MMPBSA计算模块就可以对蛋白小分子复合物体系的结合自由能进行计算（包含熵部分）。具体操作参看 ...

谢谢，我学习一下。

alystone · 发表于 Post on 2018-9-19 11:39:19

sobereva 发表于 2018-9-19 10:19
如上所说，mmpbsa计算过程中可以进行振动分析，从而给出熵效应的影响。但是很多文章指出这样算出的熵效应不 ...

谢谢sob老师，如果想较高精度计算，有没有什么改良方法。

alystone · 发表于 Post on 2018-9-19 11:40:21

k64_cc 发表于 2018-9-19 11:16
先拿自由能，然后统计两个state的，减掉就是熵效应。

谢谢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-19 20:04:55

准确的计算熵，只有通过FEP或者MtD,ABF这一类方法先计算出结合自由能，然后用S=dG/dT求熵

alystone · 发表于 Post on 2018-9-19 20:39:33

fhh2626 发表于 2018-9-19 20:04
准确的计算熵，只有通过FEP或者MtD,ABF这一类方法先计算出结合自由能，然后用S=dG/dT求熵

好的，谢谢回答，我学习一下，然后尝试用在我的体系里边。

lonemen · 发表于 Post on 2018-9-20 15:58:25

谢谢答疑！正好需要。

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[综合交流] 请问如何计算轨迹中的熵贡献