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[波函数分析求助] 怎样分析得到如下的图形结果

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看文献中,利用第一性原理MD计算,分析得到了该图。

想请教老师,我用dmol3模块计算了population analysis ,那么接下来该用什么方法得到类似文献中的图呢?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-10-14 23:58:22 | 只看该作者 Only view this author
我不用Dmol3,那程序功极弱、极不灵活
如果用Gaussian跑AIMD,自己修改IOp,就可以实现每一帧都输出一次布居分析结果。或者自己写脚本对跑出来的每个结构批量做单点计算得到布居分析结果
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2018-10-15 07:22:26 | 只看该作者 Only view this author
DMol3本身怕是没辙了,非要这么做恐怕得ASE调用DMol3做,其中到底要不要修改ASE对DMol3的接口代码我也不太好说。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-15 08:57:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-14 23:58
我不用Dmol3,那程序功极弱、极不灵活
如果用Gaussian跑AIMD,自己修改IOp,就可以实现每一帧都输出一次布 ...

感谢老师的解答!
老师,那如果换做用Gaussian跑AIMD,那现在Dmol3计算的结果是不是就用不上了,还得用Gausian重新做?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-15 08:59:27 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2018-10-15 07:22
DMol3本身怕是没辙了,非要这么做恐怕得ASE调用DMol3做,其中到底要不要修改ASE对DMol3的接口代码我也不太 ...

谢谢您!
我就困在了怎样分析这个输出结果。

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发表于 Post on 2018-10-15 09:22:29 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-10-15 08:57
感谢老师的解答!
老师,那如果换做用Gaussian跑AIMD,那现在Dmol3计算的结果是不是就用不上了,还得用G ...



用Dmol3真没前途
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-15 09:36:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-15 09:22


用Dmol3真没前途

再次感谢老师为我指定方向。
老师,我的体系只有两个分子、一个al团簇(三种物质,43个原子),如果用Gaussian做AIMD 估计得过久呢?

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发表于 Post on 2018-10-15 09:38:37 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-10-15 09:36
再次感谢老师为我指定方向。
老师,我的体系只有两个分子、一个al团簇(三种物质,43个原子),如果用Ga ...

看计算级别,并不好估计。Dmol3能算得动的情况Gaussian一定能算得动

如果你不想重算的话,那就手动每隔几帧提取一次结构,总共提出来几十个结构,用dmol3依次算单点来得到布居分析结果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-15 10:40:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-15 09:38
看计算级别,并不好估计。Dmol3能算得动的情况Gaussian一定能算得动

如果你不想重算的话,那就手动每 ...

好的,老师。谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-30 12:03:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-14 23:58
我不用Dmol3,那程序功极弱、极不灵活
如果用Gaussian跑AIMD,自己修改IOp,就可以实现每一帧都输出一次布 ...

老师,如果用CASTEP,可以实现吗?

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发表于 Post on 2018-11-30 12:08:49 | 只看该作者 Only view this author
CocuLiu 发表于 2018-11-30 12:03
老师,如果用CASTEP,可以实现吗?

我用的少。应该也没有现成的干这个的功能,都得额外手动鼓捣
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