求做分子动力学模拟的大神指点：怎么做总能涨落随时间的变化

1xiaohua1 · 发表于 Post on 2018-10-23 16:47:44

本帖最后由 1xiaohua1 于 2018-10-23 19:05 编辑

各位大神，想做重复下图中的Total energy fluctuations with respect to molecular dynamics simulation step
我的INCAR如下，需要修改吗？

SYSTEM=MOS2
ISTART=0
ICHARG=2
ENCUT=500
NWRITE=2
PREC=Normal
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
IALGO=48
LREAL=.FALSE.
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
EDIFFG=-0.01
EDIFF=1E-6

IBRION=0
ISIF=2
NSW=1000
POTIM=1.0
TEBEG=300
TEEND=300

#SMASS=-1
SMASS=0

这幅图怎么画的？

bluewhale · 发表于 Post on 2018-10-23 17:07:02

做MD，涨落是正常的，不涨落是不正常的。

1xiaohua1 · 发表于 Post on 2018-10-23 19:04:51

bluewhale 发表于 2018-10-23 17:07
做MD，涨落是正常的，不涨落是不正常的。

大神，我的INCAR 对吗？怎么画成那副图？

archer · 发表于 Post on 2018-10-24 09:38:20

OSZICAR 里面有打印每步的能量，读取出来就行了。

1xiaohua1 · 发表于 Post on 2018-10-24 14:15:04

archer 发表于 2018-10-24 09:38
OSZICAR 里面有打印每步的能量，读取出来就行了。

谢谢了

啦啦黑还黑 · 发表于 Post on 2018-10-26 17:22:10

VASP默认的控温方法是每一步直接把温度校正到你设定的值300K，破坏了md统计意义。
一般我们跑canonical ensemble的MD都需要热浴控温，看看手册MDALGO这个参数。

李朋 · 发表于 Post on 2019-11-12 20:42:17

archer 发表于 2018-10-24 09:38
OSZICAR 里面有打印每步的能量，读取出来就行了。

OSZICAR里面会给出好几个能量值，请问哪一个是total potential energy呢？谢谢~

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