如何通过量化计算来预测分子稳定性？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-2 16:01:07

xxzj 发表于 2023-2-2 02:45
老师，我看文献光催化方向判断分子稳定性的程序为AIMD动力学，但是我现在会使用Gromacs.所以，想请问老师 ...

必须得用既能描述激发态又能描述断键的方法，普通力场不行

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-2 23:53:15

xxzj 发表于 2023-2-2 09:45
老师，我看文献光催化方向判断分子稳定性的程序为AIMD动力学，但是我现在会使用Gromacs.所以，想请问老师 ...

不能

一昔a · 发表于 Post on 2024-2-21 19:00:35

wzkchem5 发表于 2023-2-2 16:01
必须得用既能描述激发态又能描述断键的方法，普通力场不行

老师您好，我想请教下什么方法和软件能够实现这个能够描述激发和断键的功能呢？
我会一些Gaussian和gromacs，似乎没有能够描述这个过程的动力学的方法，第一性原理软件例如cp2k能用来做这个吗，例如表述聚合物随着温度升高发生运动、最后反应的过程。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-21 20:31:29

一昔a 发表于 2024-2-21 12:00
老师您好，我想请教下什么方法和软件能够实现这个能够描述激发和断键的功能呢？
我会一些Gaussi ...

如果研究的是非常快的反应，例如ps尺度的量级，推荐用CP2K做AIMD。高斯的BOMD也能做，但一般认为效率比CP2K低。
如果研究ns以上时间尺度的反应，AIMD跑不动那么久，此时应当考虑用过渡态理论来研究

一昔a · 发表于 Post on 2024-2-22 00:04:19

wzkchem5 发表于 2024-2-21 20:31
如果研究的是非常快的反应，例如ps尺度的量级，推荐用CP2K做AIMD。高斯的BOMD也能做，但一般认为效率比CP ...

嗯嗯，谢谢老师解惑！

一昔a · 发表于 Post on 2024-2-22 00:09:50

wzkchem5 发表于 2024-2-21 20:31
如果研究的是非常快的反应，例如ps尺度的量级，推荐用CP2K做AIMD。高斯的BOMD也能做，但一般认为效率比CP ...

老师，我还想请教一下就是，能够研究的体系多大呢，我记得Gaussian应该也就几百原子的程度，假如我想研究高分子链的运动、反应的过程，过渡态理论不适用于这种体系，采用量化或者第一性原理的话这种几千、几万原子体系是不是根本没有可能很好的描述化学键、次级键的相互作用呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-22 00:16:54

一昔a 发表于 2024-2-21 17:09
老师，我还想请教一下就是，能够研究的体系多大呢，我记得Gaussian应该也就几百原子的程度，假如我想研究 ...

如果好几千个原子的话，可能比较麻烦。如果反应位点已知，可以做QM/MM MD，只把反应位点附近用QM处理。如果反应位点未知或很多、很分散，就比较麻烦了，可能可以考虑半经验方法，但是可靠程度也比较有限

一昔a · 发表于 Post on 2024-2-22 10:10:11

wzkchem5 发表于 2024-2-22 00:16
如果好几千个原子的话，可能比较麻烦。如果反应位点已知，可以做QM/MM MD，只把反应位点附近用QM处理。如 ...

谢谢老师~我仔细研究下

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