Replicas的重要性(JCTC,2018)

granvia · 发表于 Post on 2018-11-10 21:00:21

JCTC的一篇ASAP： Avoiding False Positive Conclusions in Molecular Simulation: The Importance of Replicas

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00391

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-11-12 16:22:44

这种文章容易误导人，理论上：
平衡过程brute-force MD，无需重复
非平衡过程brute-force MD，必须重复
Importance Sampling，无需重复
Generlized Ensemble，一般无需重复

pyscf · 发表于 Post on 2018-11-12 21:15:34

请问ABF属于哪种？

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-11-13 13:37:32

fhh2626 发表于 2018-11-12 16:22
这种文章容易误导人，理论上：
平衡过程brute-force MD，无需重复
非平衡过程brute-force MD，必须重复

非平衡过程brute-force MD，一般包括哪些情况呢？我只知道SMD，TMD应该是

经典MD（cMD）如果采样收敛的话，应该算平衡过程brute-force MD吗？未收敛的话属于非平衡过程？

k64_cc · 发表于 Post on 2018-11-13 14:05:18

霜晨月发表于 2018-11-13 13:37
非平衡过程brute-force MD，一般包括哪些情况呢？我只知道SMD，TMD应该是

经典MD（cMD）如果采样收敛 ...

你想采样的东西在平衡态就是平衡过程，不在平衡态就是非平衡过程……

这里的意思是非平衡态模拟的结果本来就是所有可能路径的平均，而平衡态模拟，你不收敛的话结果肯定不对，要是收敛了，那无论跑多少收敛的replica，结果肯定一样……

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-11-14 10:58:55

k64_cc 发表于 2018-11-13 14:05
你想采样的东西在平衡态就是平衡过程，不在平衡态就是非平衡过程……

这里的意思是非平衡态模拟的结果 ...

嗯，明白了，谢谢

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