求助：计算分子间相互作用考虑了BSSE，但gaussian无法兼容考虑溶剂效应的问题。

Aristotler

如题，老师同学们。我目前在探究两个分子之间的相互作用关系。（1）利用高斯中counterposie这个参数，计算修正BSSE后分子相互作用能，发现不能同时考虑溶剂作用（之前有看到卢老师说，即便讨论两个水分子之间的相互作用，也应该考虑在水的介电常数下计算），那么这个问题如何解决呢？
（2）其次，我对探究分子间相互作用的本质不是很理解，具体困扰是假设A和B分子形成二聚体，可能由于分子之间的相互作用导致相对柔性更强的分子A在优化后有构象的变化，成为A'的话，那么对于结合能的计算是不是应该是变成结合能=AB-(A+B)？是否与采用counterposie这个参数得到的结果不同（学生觉得这个参数算出来的结合能就是AB-(A'+B)）没有考虑A的形变？

请各位老师同学帮忙答疑解惑。感谢


补充说明：如果溶剂作用在讨论该问题的时候非常重要，而BSSE在利用M06-2X-D3/6-311+G(d,p)中作用很小，那么我应该如何选取A的结构，是初始的A构型能量，还是将二聚体中A'的结构提取出来计算能量？

sobereva

溶剂的考虑问题在此文说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

3 溶剂模型下考虑BSSE问题没有严格的办法，一般做法是在气相下做counterpoise计算得到E_BSSE，然后加到溶剂模型下以常规方式E(AB)-E(A)-E(B)计算的相互作用能上。

counterpoise关键词计算最后顺便输出的结合能不包含单体的变形能，要考虑需要自己单独计算。是否考虑变形能视计算目的而定。跟实验比必须考虑。

Aristotler

sobereva 发表于 2018-11-28 23:19
溶剂的考虑问题在此文说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

我明白了，非常感谢老师

Aristotler

Aristotler 发表于 2018-11-28 23:57
我明白了，非常感谢老师

老师，我在 《乱谈DFT-D》这篇博文中看到您说"静电主导的体系在优化时都不用带弥散。静电吸引主导少量色散吸引参与的弱相互作用类型包括氢键、二氢键、卤键、pi-氢键、碳键、硫键、磷键等，而pi-pi堆积、范德华吸引则属于纯色散作用。色散作用成份越大的情况BSSE越需要考虑，而静电主导的体系对BSSE问题则不敏感。以Counterpoise来处理BSSE问题只适合给单点计算用，优化时绝对不要用。"
我目前算的分子属于氢键类型的，我之前都用M06-2X-D3/6-311+G**在优化，同时考虑了BSSE的问题。但是由于比较贫穷，所以我想这个计算级别是不是可以改成B3LYP-D3/6-311+G**算一下优化 之后再算含BSSE的单点是不是就可以啊？

sobereva

Aristotler 发表于 2018-12-1 10:48
老师，我在 《乱谈DFT-D》这篇博文中看到您说"静电主导的体系在优化时都不用带弥散。静电吸引主导少量色 ...

优化的时候绝对不要用counterpoise，极度浪费时间而且没什么意义（尤其是你都有了弥散函数的情况下）。就算有特别原因，在优化过程中就明确考虑BSSE，也应该是用gCP，此时依然有解析梯度。

简单来说，counterpoise只适合算能量的时候才用。
这点我在
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
中有特别强调。