请教老师关于gmx energy关于Cp分析的问题

Recycled · 发表于 Post on 2018-12-15 14:20:30

尊敬的老师及各位同道中人们，晚辈有一个问题想要请假：
   在使用gmx energy fluct_props 对NpT系综进行Cp值计算的时候，其中有关于读取轨迹的时间的设定-b 和 -e
   在我的模拟结果中，如果时间长度不同（如50 ps ; 25 ps ; 1ps），则计算得到的Cp值也不同。时间长度越长（取的帧数越多），计算结果越大，而且有一定的比例关系。
所以想请问一下这是什么原因造成的？是我的step太少还是别的原因？如果这种情况是正常的，那么应该取多长时间合适呢？（手册中并没有对这个做出解释。。）
   谢谢各位~

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-15 23:58:34

模拟时间越长，统计误差越小（取的轨迹范围必须是已经达到平衡的区间）。
轨迹才诸如50ps的话太短了，一般至少也得跑个几百ps

Recycled · 发表于 Post on 2018-12-17 08:41:47

sobereva 发表于 2018-12-15 23:58
模拟时间越长，统计误差越小（取的轨迹范围必须是已经达到平衡的区间）。
轨迹才诸如50ps的话太短了，一般 ...

十分感谢谢Sobereva老师的回复！我会做一些长时间的模拟来看看结果。
另外还想请问老师，由于我所模拟的体系有高的压缩因子和压力，因此我现在的做法是减少时间步长dt，增加模拟步数来避免blowing-up。这样的模拟对于结果是否会有影响（除了运行时间很长以外）？以及是否有针对这样的体系的更好的解决办法？

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-18 04:02:52

Recycled 发表于 2018-12-17 08:41
十分感谢谢Sobereva老师的回复！我会做一些长时间的模拟来看看结果。
另外还想请问老师，由于我所模拟的 ...

高的压缩因子不知道你指的是什么。
我不晓得你的体系怎么会容易blowing-up，如果是盒子尺寸波动很厉害的情况，考虑在控压参数上进行调节，令其变化缓一些。
如果模拟的各方面参数本身是合理的，减小步长不会导致结果合理性有问题。

Recycled · 发表于 Post on 2018-12-18 10:03:21

sobereva 发表于 2018-12-18 04:02
高的压缩因子不知道你指的是什么。
我不晓得你的体系怎么会容易blowing-up，如果是盒子尺寸波动很厉害 ...

感谢老师的回复！抱歉我没有说清楚我的问题。在NPT的mdp输入文件中有compressibility一项，默认值是水在常温常压下的压缩系数，为4.5e-5；我所计算的体系是超临界态的烷烃，根据实验数据计算的压缩系数大约为e-1~e-2数量级。如果在高压下进行模拟会出现原子间距超过势能函数计算范围的问题。对于同样的体系，在常压或者小的压缩系数下的模拟均可以以1fs的时间步长正常进行。
参考您之前对于同类问题的回复，我同时减小了时间步长（0.1fs)，增大了耦合时间（tau_p=5)并修改了table-extension=5之后，模拟可以进行了。根据我粗浅的理解，能量相关的问题应当是最后一项修改导致的。想请教一下老师关于这个问题的看法。
十分感谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-18 16:28:39

Recycled 发表于 2018-12-18 10:03
感谢老师的回复！抱歉我没有说清楚我的问题。在NPT的mdp输入文件中有compressibility一项，默认值是水在 ...

当前能正常跑就行了

Recycled · 发表于 Post on 2018-12-18 17:11:38

sobereva 发表于 2018-12-18 16:28
当前能正常跑就行了

好的，十分感谢老师的回复!

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