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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

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发表于 Post on 2024-6-6 15:35:48 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,CentOS 8 Stream 编译2024.2版本的Gromacs报错如下,但是我的GCC版本已经利用gcc-toolset升级到了gcc13版本,为啥还是显示GCC版本过低
CMake Error at cmake/gmxTestCompilerProblems.cmake:69 (message):
  GCC version 9 or later required.  Earlier versions don't have full C++17
  support.
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:97 (gmx_test_compiler_problems)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-6 23:56:41 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2024-6-6 08:54
谢谢老师,因为之前安装了gpu版本,那这样话流程应该是我再编译一个cpu版本,然后再编译一个cpu的双精度 ...

可以不刻意装CPU单精度版,mdrun运行时直接指定在CPU上跑就完了
双精度版则必须单独装
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-7 00:03:01 | 只看该作者 Only view this author
Prof.Huang 发表于 2024-6-6 15:35
老师您好,CentOS 8 Stream 编译2024.2版本的Gromacs报错如下,但是我的GCC版本已经利用gcc-toolset升级到 ...

可能升级方式不对、升级不充分之类。我没升级过
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发表于 Post on 2024-9-9 13:47:29 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问gromacs这个安装步骤在Ubuntu 20.04系统下也适用吗?

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发表于 Post on 2024-9-9 13:52:23 | 只看该作者 Only view this author
灵芝5 发表于 2024-9-9 13:47
老师,请问gromacs这个安装步骤在Ubuntu 20.04系统下也适用吗?

跟Ubuntu版本关系不大, 把cmake, fftw之类的跟着教程安装好就行的. 我也是20.04, 跟着教程安装成功了.

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发表于 Post on 2024-12-4 08:25:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-12-13 22:18 编辑

因故重装笔记本上Rocky Linux 9.3虚拟机系统(目前只能分配16核、20 GB内存)时,先编译了CP2K 2024.3版再安装GROMACS 2018.8,遇到fftw库相关问题。

根据博文http://sobereva.com/586,采用11.5.0版gcc和gfortran编译器,设置了--target-cpu=native来运行的CP2K工具链自动配备好cmake 3.30.0、fftw 3.3.10、openmpi 5.0.5;而后CP2K本体正常编译完成,source那个setup文件再检查echo $CMAKE_PREFIX_PATH的输出也能找到上述fftw的安装目录。

根据这帖提前修复一个无关故障后,试图直接执行GROMACS安装步骤中cmake这步,会报错中止:
  1. -- Checking for module 'fftw3f'
  2. --   Package 'fftw3f', required by 'virtual:world', not found
  3. -- pkg-config could not detect fftw3f, trying generic detection
  4. Could not find fftw3f library named libfftw3f, please specify its location in CMAKE_PREFIX_PATH or FFTWF_LIBRARY by hand (e.g. -DFFTWF_LIBRARY='/path/to/libfftw3f.so')
  5. CMake Error at cmake/gmxManageFFTLibraries.cmake:89 (MESSAGE):
  6.   Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for mixed-precision
  7.   GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS).  Either choose the right
  8.   precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the
  9.   advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you
  10.   (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON), or use the really slow GROMACS built-in fftpack
  11.   library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).
复制代码

添加-DGMX_DOUBLE=ON来重新执行cmake,则弹出下述警告,但仍可识别出上述fftw并完成:
  1. CMake Warning at cmake/gmxManageFFTLibraries.cmake:172 (message):
  2.   The FFTW library was compiled with neither --enable-sse nor --enable-sse2;
  3.   those would have enabled SSE(2) SIMD instructions.  This will give
  4.   suboptimal performance.  You should (re)compile the FFTW library with
  5.   --enable-sse2 and --enable-avx (and --enable-avx2 or --enable-avx512 if
  6.   supported).
复制代码

后续make install -j也可以顺利结束并得到gmx_d可执行文件,gmx_d --version亦确认为非MPI版的双精度版本。检查CP2K目录下tools/toolchain/build/fftw-3.3.10/config.log可知工具链自动配备fftw时编译选项为--enable-mpi --enable-openmp --disable-shared --enable-static --enable-avx --enable-avx2,与博文http://sobereva.com/457中fftw编译选项的关键差异在于没有--enable-sse2和--enable-shared。

如果不想重新编译fftw及CP2K而就用这个GROMACS,上述问题是否会明显影响GROMACS跑分子动力学?

编辑:忘记说了,cmake一步还添加有-DGMX_SIMD=AVX2_256。如果不添加这个,上述fftw警告不会弹出,但真跑起来运动学就会有另一个警告,在博文457里也有提及。
  1. WARNING: Using the slow plain C kernels. This should
  2. not happen during routine usage on supported platforms.
复制代码

编辑2:哎,我应该在编译所有软件之前先仔细看一遍https://manual.gromacs.org/docum ... dex.html#using-fftw的,已经讲得很明确了。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-4 16:57:26 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-4 08:25
因故重装笔记本上Rocky Linux 9.3虚拟机系统(目前只能分配16核、20 GB内存)时,先编译了CP2K 2024.3版再 ...

可能会损失些性能。但鉴于在虚拟机里用CPU跑的情况对性能一般不那么看重,不是什么大问题。也可以尝试编译更新版本gromacs,或许没这个问题。

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Uus/pMeC6H4-/キ + 1 谢谢,有待进一步测试

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发表于 Post on 2025-2-16 12:03:03 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
When I install gromacs with make -j install, then the installment happened until 96% and then crashed. I have tried for several times but when it reached 96% it crashed again.

202502161201258657..png (253.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 140)

202502161201258657..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-16 13:45:53 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-2-16 12:03
Hi everyone,
When I install gromacs with make -j install, then the installment happened until 96% a ...

Please remove -j and retry
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发表于 Post on 2025-2-17 00:07:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-16 13:45
Please remove -j and retry

Greeting teacher,
Although compile time increased significantly, it was a successful installment. Thank you, teacher. But can I ask what -j means in Linux ?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-17 03:23:01 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-2-17 00:07
Greeting teacher,
Although compile time increased significantly, it was a successful installment. ...

-j means compilation in parallel mode. All CPU cores will be used for compiling the code, while sometimes this may make the compilation get stuck.
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发表于 Post on 2025-5-8 19:03:30 | 只看该作者 Only view this author
请问SOB老师,我按照上面的步骤安装完Gromacs后发现只有在root账户下输入gmx -version才有显示,该怎么将权限赋予我普通的账户。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-9 00:09:34 | 只看该作者 Only view this author
NFUPenG 发表于 2025-5-8 19:03
请问SOB老师,我按照上面的步骤安装完Gromacs后发现只有在root账户下输入gmx -version才有显示,该怎么将权 ...

建议在自己账户可读写的目录下装gromacs,如sob用户,安装到/home/sob/gmx2018.8
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