用mm2计算方法说明问题，是否在投稿中受到很大的质疑

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-5-27 19:45:39

前段时间，我用分子力场算出一个很好的数据，和我的实验结论一致性相当。但是，毕竟这个方法用的人不太多，所以我请别人用DFT帮我算，但是却算不出类似的结果了。

我算的是某一类化合物附近有一个水分子对其能量的影响：当化合物A附进加一个水分子之后能量会大幅度下降，其他相似的物质没有这个现象。这没有牵扯到电子的问题，最多只牵扯到氢键，用分子间作用力也可以解释。所以我就想我能不能把分子力场里算的结果用到文章里发表，编辑和审稿人会不会觉得这个计算数据不可靠。

（ps：我是学有机化学的，对于计算化学了解不多。）

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-27 22:46:32

只要原子电荷分配得合适，靠分子力场也能近似正确描述氢键。

但是如果体系不大，审稿人估计还是会让你做做量化计算的。

如果你相信用MM2得到的当前的现象可以确信是可靠的，那DFT重现不出这种现象估计是计算方式、所用方法不对。

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-5-27 23:06:10

sobereva 发表于 2015-5-27 22:46
只要原子电荷分配得合适，靠分子力场也能近似正确描述氢键。

但是如果体系不大，审稿人估计还是会让你做 ...

谢谢！！

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-5-27 23:17:19

本帖最后由 fankui1990129 于 2015-5-27 23:18 编辑

sobereva 发表于 2015-5-27 22:46
只要原子电荷分配得合适，靠分子力场也能近似正确描述氢键。

但是如果体系不大，审稿人估计还是会让你做 ...

刚刚突然想到一个问题。我能不能用MM2方法优化的结果去进一步计算。因为我发现水的位置对结果影响特别大，用DFT优化比较麻烦出理想的结构模型

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-28 03:31:01

你可以用MM2优化出的结构当初始结构做DFT计算（优化+相互作用能计算）

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[新手求助] 用mm2计算方法说明问题，是否在投稿中受到很大的质疑

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