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[Lammps] lammps

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-22 09:00:13 | 只看该作者 Only view this author
求做过的大神回答呀

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发表于 Post on 2019-2-22 12:24:57 | 只看该作者 Only view this author
fix colvars调用一个.colvar文件,这个文件怎么写可以把colvar的手册看一下很简单(写的不太好,但是看完对整个lammps实现colvar能有一定了解)。之后得到的.colvars.traj文件,里面的数据需要进行分割(split -l可以按照多少行分割,分割为每个平衡位置一个文件)然后给WHAM使用,至于为什么把WHAM手册读一下就明白了。总体用起来感觉lammps对于colvars实现的并不好,我只是简单测试过,希望对你有点帮助。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-22 13:57:38 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2019-2-22 12:24
fix colvars调用一个.colvar文件,这个文件怎么写可以把colvar的手册看一下很简单(写的不太好,但是看完对 ...

谢谢您的回答!我还想问一下您那个.colvars.traj输出的是什么的Trajectory呢?比如我定义的colvars是一个分子沿某一个方向的投影距离,此时.colvars.traj输出的这个分子的投影距离吗?还是其他呢?我看公式里与径向分布函数有关,这个径向分布函数指的是谁的呢?可能问题比较stupid,请您多担待,我还得多向您学习,多看文献,多调试软件,谢谢!

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发表于 Post on 2019-2-22 16:00:53 | 只看该作者 Only view this author
你看篇综述再问吧……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wcms.66

RDF那个我觉得你是看混了。如果你的CV只是距离,那它和RDF是等效的,但是看起来你好像用不着这个。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-22 16:21:38 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2019-2-22 16:00
你看篇综述再问吧……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wcms.66

好的 谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-22 21:51:33 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2019-2-22 16:00
你看篇综述再问吧……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wcms.66

看完很受益!理论知识还有待加强,另外我说径向分布函数是看了一篇硕士论文上说的。谢谢!

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发表于 Post on 2019-10-22 17:38:59 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2019-2-22 12:24
fix colvars调用一个.colvar文件,这个文件怎么写可以把colvar的手册看一下很简单(写的不太好,但是看完对 ...

您好!请问您用的哪个版本的lammps的fix colvars?

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