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[GROMACS] 求助gromacs力场问题

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楼主
请问一下各位大佬,如果我想用的力场不在gromacs软件中,例如DreidingII 力场,我应该如何添加力场参数呢? 或者 在哪里找 我们所需要的力场的包呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-26 11:21:46 | 只看该作者 Only view this author
顺便想请教一下 sob 老师,lammps的 培训班 什么时间有呢?
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发表于 Post on 2019-2-26 13:45:10 | 只看该作者 Only view this author
目前没计划开lammps培训班
dreiding已经过时了,要用也是用后来更好一点、支持元素更多的UFF
根据gmx拓扑文件的规则、支持的力场函数形式和原文里的参数,可以自行补充到gmx的拓扑文件里使用
下文中的OBGMX也可以直接产生基于UFF的拓扑文件

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

原理上,只要一个力场的函数形式是gmx支持的(支持哪些形式在手册里写明了),就都可以补进gmx里去用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-26 14:59:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-26 13:45
目前没计划开lammps培训班
dreiding已经过时了,要用也是用后来更好一点、支持元素更多的UFF
根据gmx拓扑 ...

非常感谢您的回复!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-7 20:43:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-26 13:45
目前没计划开lammps培训班
dreiding已经过时了,要用也是用后来更好一点、支持元素更多的UFF
根据gmx拓扑 ...

老师,我想请教您,第一,假如我想使用的是dreiding2力场,因为我想全部按照文献内容进行模拟的话,gromacs中没有这个力场,此时我应该如何做呢?第二,我想请教一下,我以opls力场为例,假如我想修改bond 的力场参数,我需要修改ffbond.itp里的b0   和    kb 两个量对吗?请问要是一种键的话 也需要一个一个修改吗?谢谢老师!
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发表于 Post on 2019-3-8 05:45:25 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-7 20:43
老师,我想请教您,第一,假如我想使用的是dreiding2力场,因为我想全部按照文献内容进行模拟的话,groma ...

自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个文件原本的内容读明白自然就懂了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-8 08:10:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-8 05:45
自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个 ...

谢谢老师!非常感谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-12 20:59:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-8 05:45
自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个 ...

老师 ,请问您 针对如何添加新的力场和参数 这个会在gromacs班里 进行说明吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-12 21:08:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-8 05:45
自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个 ...

老师 ,我有一个想法想和您确认一下 是否可行, 我把我的体系做成非标准残基,添加新的原子类型进去oplsaa力场,因为我有力场参数 和函数形式,我改一下oplsaa中的func 与我的函数形式对应,参数也该,这样 我用的是opls的力场 但是 实际效果是我自己想用的别的力场。
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发表于 Post on 2019-4-12 22:38:11 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-4-12 20:59
老师 ,请问您 针对如何添加新的力场和参数 这个会在gromacs班里 进行说明吗?

添加力场的情况非常多,会涉及一部分
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-13 08:00:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-12 22:38
添加力场的情况非常多,会涉及一部分

感谢您!
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发表于 Post on 2020-8-20 14:09:25 | 只看该作者 Only view this author

您好,请问能不能随便贴个例子?我想学习一下怎么添加非默认力场。

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