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本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-15 21:14 编辑
@sobereva 老师好，我想研究真空中分子间相互作用，参考了Actos四聚体分子自组装的MD模拟。体系包含43个S4（2-）阴离子、86个Li+阳离子、和1个聚合物链。但是提交md任务后会出现Fatal error: Domain decomposition does not work with nstlist=0，请问该怎么解决呢？在其他条件都不变的情况下，我又分别试了只放1个聚合物链、1个聚合物链+1组离子（1个S4+2个Li）、1个聚合物链+5组离子，都没有报错，但是1个聚合物链+10组离子就会发生相同的错误了。请老师指点。谢谢。
附md.mdp
define =
integrator = md
dt = 0.002 ; ps
nsteps = 3000000
comm-grps = system
comm-mode = Angular
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 500
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps = system
;
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb = 0
vdwtype = cut-off
rvdw = 0
;
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
gen_vel = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps =
freezedim =
constraints = hbonds
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发表于 Post on 2019-3-31 12:30:37
楼主 Author
发表于 Post on 2020-4-18 20:48:57
