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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] 详谈使用Gaussian做势能面扫描

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发表于 Post on 2023-9-12 16:03:43 | 只看该作者 Only view this author
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-12 16:28:37 | 只看该作者 Only view this author
木贞 发表于 2023-9-12 16:03
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具:IRCsplit和SCANsplit
http://sobereva.com/199
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-10-11 10:13:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2024-3-25 14:37 编辑

老师 想跟您请教一下,我计算的催化剂模型是LnCr(Ⅲ)Mo6(Ⅵ)O24H3(简称1,电荷-3 ,自旋多重度4),催化剂1以氢键作用吸附H2O2,发生的反应是催化剂羟基上的H原子通过PCET过程进攻H2O2的过氧键,生成H2O...OH的结构。想找这一步的过渡态,做了柔性扫描,以生成物为柔性扫描的初始结构,发现随着H2O..OH上H向催化剂上O靠近的过程中,过氧化氢自身O-O键并没有拉近的趋势,想跟您请教下这是为什么呢?麻烦您啦(柔性扫描输出文件在附件中)

FZ0]HQ)IV{JQWAJ4APPY8HB.png (80.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 78)

FZ0]HQ)IV{JQWAJ4APPY8HB.png

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发表于 Post on 2023-10-24 16:01:07 | 只看该作者 Only view this author
介绍得非常详细,谢谢sob老师的分享

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发表于 Post on 2024-12-5 10:54:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hailu 于 2024-12-5 10:58 编辑

老师,想问一下,我在内坐标里找不到我要扫描的二面角对应的那一行内坐标,这种情况下怎么办呀?
用例子描述一下:
在老师举的“扫描甲醇的羟基的二面角”例子里,要在内坐标文件里找到能够让醇羟基旋转的内坐标行:H6-O5-C1-H2。
然而我在我研究的分子的内坐标里,找不到能够描述这种能让我研究的基团进行旋转的这一行(真的检查了很多遍了,是没有的)。

202412051055567432..png (140.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 68)

202412051055567432..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 19:55:32 | 只看该作者 Only view this author
Hailu 发表于 2024-12-5 10:54
老师,想问一下,我在内坐标里找不到我要扫描的二面角对应的那一行内坐标,这种情况下怎么办呀?
用例子描 ...

自己改写内坐标定义

要么用gentor结合xyz2QC实现
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC
http://sobereva.com/472http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html
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发表于 Post on 2024-12-25 17:28:33 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,有个问题想请教您一下。就是假如同时对一个分子中的两个键做势能面扫描时,如果高斯给出的内坐标恰好都不符合这两个键,此时应该怎么办呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 18:19:50 | 只看该作者 Only view this author
菲比的洪均 发表于 2024-12-25 17:28
老师您好,有个问题想请教您一下。就是假如同时对一个分子中的两个键做势能面扫描时,如果高斯给出的内坐标 ...

自己调整内坐标定义做刚性扫描,或者利用GIC做柔性扫描时保持两个键长度变化相同
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发表于 Post on 2025-4-27 16:50:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Rreido 于 2025-4-27 16:55 编辑

老师您好,想请教一下如果用HF方法扫描,对每一个点都想用post-HF方法额外计算一次单点能,能够在gjf输入文件中实现吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-27 17:06:54 | 只看该作者 Only view this author
Rreido 发表于 2025-4-27 16:50
老师您好,想请教一下如果用HF方法扫描,对每一个点都想用post-HF方法额外计算一次单点能,能够在gjf输入文 ...

不能。但可以用下文的SCANsplit产生扫描后的各个结构的单点文件,然后批量计算、用grep批量提取能量

产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具:IRCsplit和SCANsplit
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