求助使用gromacs如何在模拟过程中保持蛋白的刚性

Mandy_MA · 发表于 Post on 2019-4-17 15:18:50

求助各位老师，我在模拟蛋白和膜的相互作用时，希望保持蛋白的二级结构不发生改变，请问这个问题需要怎么解决？

nachtmusik · 发表于 Post on 2019-4-17 15:41:22

可以用position restrain固定住蛋白质
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Position_Restraints

定义freeze groups 保持住模拟时蛋白质刚性，也能起到类似的效果

Mandy_MA · 发表于 Post on 2019-4-17 16:06:18

nachtmusik 发表于 2019-4-17 15:41
可以用position restrain固定住蛋白质
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Position_Restraint ...

谢谢老师，但是我希望在模拟中能使蛋白进行平动或转动，如果用restrain或freeze，那蛋白不就是一动也不动了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-17 17:28:45

一般情况蛋白质不会因为和磷脂分子相互左右就导致二级结构改变，用不着这种约束或限制，也没有什么办法能专门用来保持二级结构（除非自己对骨架设一些距离、二面角约束之类）

Mandy_MA · 发表于 Post on 2019-4-17 19:11:58

sobereva 发表于 2019-4-17 17:28
一般情况蛋白质不会因为和磷脂分子相互左右就导致二级结构改变，用不着这种约束或限制，也没有什么办法能专 ...

谢谢sob老师

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