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[Gaussian/gview] 求助,建模时如何处理烷基磺酸钠片段?

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各位老师,请问在构建初始结构时如何处理烷基磺酸钠片段中的钠离子和磺酸根离子(磺酸根离子和钠离子的电荷,钠离子的位置)?

S1.gif (84.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

S1构型

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搭建的初始结构

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发表于 Post on 2019-5-7 07:51:05 | 只看该作者 Only view this author
你当前摆得没问题,优化完了自发就会调整结构到合适位置。

对于更复杂的情况,可以按照下文方法显示出阴离子的表面静电势,把阳离子都放在各个静电势最负的位置。通常只要让阳离子和与之最近的阴离子原子的距离大约等于它们的范德华半径和即可

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 09:10:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 07:51
你当前摆得没问题,优化完了自发就会调整结构到合适位置。

对于更复杂的情况,可以按照下文方法显示出阴 ...

谢谢sob老师的解答。还有一个问题就是,建模时直接使用Na原子放在磺酸根周围即可么?

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发表于 Post on 2019-5-7 09:47:04 | 只看该作者 Only view this author
xiaos 发表于 2019-5-7 09:10
谢谢sob老师的解答。还有一个问题就是,建模时直接使用Na原子放在磺酸根周围即可么?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 09:49:26 | 只看该作者 Only view this author

好的好的, sob老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-15 08:31:23 | 只看该作者 Only view this author

sob老师您好,请问在构建输入文件时,对于该体系计算opt使用命令#p opt b3lyp/6-311+g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj,体系电荷为-4,自旋多重度为1是否合理?

so3.gif.png (50.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

分子结构

分子结构

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去掉钠离子之后的输入文件

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发表于 Post on 2019-5-15 14:20:42 | 只看该作者 Only view this author
xiaos 发表于 2019-5-15 08:31
sob老师您好,请问在构建输入文件时,对于该体系计算opt使用命令#p opt b3lyp/6-311+g(d,p) empiricaldis ...

合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-15 14:23:56 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师的指点

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