求助NAMD模拟蛋白质跑了一段时间后就会莫名其妙的掉下来[已解决]

somniferum · 发表于 Post on 2019-5-13 15:14:14

本帖最后由 somniferum 于 2019-5-16 11:03 编辑

最近用NAMD做一个蛋白的模拟，这个蛋白也不复杂，我也是跟以前一样按步骤进行，并且成功run。但是在跑了一段时间后就会莫名其妙的掉下来。然后log文件显示错误为FATAL ERROR: Unable to open binary file xxx.restart.coor: File exists。
如图所示：

想请教一下这种情况该怎么解决。
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可能是超算硬盘的问题，我将restart.coor文件的写入频率调低，已经在稳定运行了一段时间。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-5-13 19:12:58

你是在超算上面跑的吗？感觉是硬盘的问题，你也可以把写入文件的频率调低点

somniferum · 发表于 Post on 2019-5-13 23:37:45

fhh2626 发表于 2019-5-13 19:12
你是在超算上面跑的吗？感觉是硬盘的问题，你也可以把写入文件的频率调低点

好的，我去试试，多谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-14 03:01:35

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“请教一个关于NAMD的问题”改了，以后务必注意

somniferum · 发表于 Post on 2019-5-14 10:06:42

sobereva 发表于 2019-5-14 03:01
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出具体内容（仔细看http://bbs ...

好的社长，下回我会注意

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-5-14 10:17:25

somniferum 发表于 2019-5-13 23:37
好的，我去试试，多谢

以前用天河一号的时候经常遇到这个问题

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[NAMD] 求助NAMD模拟蛋白质跑了一段时间后就会莫名其妙的掉下来[已解决]

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