计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5852|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] Multiwfn做AIM分析时,为什么键长越短反而没有BCP了呢?

[复制链接 Copy URL]

49

帖子

1

威望

957

eV
积分
1026

Level 4 (黑子)

各位老师好:
   我在用Multiwfn做AIM分析时,在相同的计算水平下,键长越短反而没有BCP了,我举的两个例子C-Al和C-Ga都是这样的。
我想问的是:该如何解释这样的结果呢?  或者还能通过什么其他的手段能解释呢?

键长越短反而没有BCP.png (123.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

键长越短反而没有BCP了

键长越短反而没有BCP了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-5-17 17:16:33 | 只看该作者 Only view this author
你这种体系成键方式特殊(Al的金属性强,电子分布比较弥散),可能存在赝原子。光用默认的搜索方式,首先就没法确保所有(3,-1)搜索全。这种电子密度分布复杂的情况应当用拓扑分析界面里选项6里面的选项-1在每个原子附近随机撒点来进行临界点搜索。然后再看临界点分布情况

这种体系Cl-Al之间没有一般意义的化学键,建议你先用ELF或LOL或价层电子密度的等值面图了解一下这个体系的大体电子结构特征,再结合BCP去讨论。不要光被BCP的位置在哪、有没有出现蒙在鼓里。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

1

威望

957

eV
积分
1026

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-17 17:55:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 17:16
你这种体系成键方式特殊(Al的金属性强,电子分布比较弥散),可能存在赝原子。光用默认的搜索方式,首先就 ...

嗯嗯,明白了,多谢sob老师~
我先按照您的提示,做一下其他的分析。

49

帖子

1

威望

957

eV
积分
1026

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-18 12:56:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 17:16
你这种体系成键方式特殊(Al的金属性强,电子分布比较弥散),可能存在赝原子。光用默认的搜索方式,首先就 ...

Sob老师您好,我按照您的提示做了两件事:
1)拓扑分析选项选择了6,然后选了-1,仍然没有BCP;
2)然后我进行了ELF和LOL分析,我以前问过您关于ELF的类似问题。
我先自我分析一下,从ELF上可以明显看出两处发生了变化,(1) 对于CAl4,C原子周围橙色向Al方向鼓出,较为均匀;而对于CAl3SiCl, 数字1的位置的橙色明显鼓出变少,即说明C-Al1之间离域性变强。(2)  Al1-Al2之间,从CAl4到CAl3SiCl,明显变为红色,说明Al1-Al2之间定域性变强。    对于CAl3Ga同理。

LOL和ELF的结果基本一致。

我想问的是:sob老师,(1)我分析的对吗? (2) 从ELF和LOL分析上,能看出与BCP有什么关系吗?或者能和BCP联系起来吗?

CAl4-CAl3Ga-CAl3SiCl-CAl2SiGaCl--ELF-3.png (478.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

ELF

ELF

CAl4-CAl3Ga-CAl3SiCl-CAl2SiGaCl--LOL-1.png (432.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

LOL

LOL

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2019-5-18 19:42:01 | 只看该作者 Only view this author
我这里只关注你一开始提到的有没有BCP的那个C与Al的作用。至于其它的原子间的作用,可以结合Mayer键级进一步讨论,如果和Mayer键级的结论也能对上,那就没错。
LOL图对当前体系看起来更清楚,所以看LOL就够了。所有体系中,C都没有冲着上方的Al出现显著的橙色区域,所以应当认为这俩原子间没有什么显著的相互作用。至于有没有出现BCP,完全没法作为是否有显著相互作用的证据,在下文中专门强调了这点。因此当前情况就认为这俩原子间没成键就完了,不要对有没有BCP这个现象做过度解释,是否出现并不具备化学意义。
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

1

威望

957

eV
积分
1026

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-19 09:37:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-18 19:42
我这里只关注你一开始提到的有没有BCP的那个C与Al的作用。至于其它的原子间的作用,可以结合Mayer键级进一 ...

谢谢sob老师的回答,我仔细看了您的博文。简单的总结:“BCP算是存在化学键的必要非充分条件”。
我还是有疑问 (sob老师,我下面的问题是真的来求知的)
您昨天回答说看我的LOL图,LOL图确实看不出C-Al之间有相互作用。
1)那我是否可以根据ELF图来说,从CAl4-->CAl3SiCl,C-Al之间相互作用是减弱的;同理从CAl3Ga-->CAl2SiGaCl,C-Ga之间的相互作用是减弱的。这样理解可以吗?
2)有一篇文献讲CO3Li3+(https://pubs.rsc.org/en/content/ ... 41822c#!divAbstract) 是6配位碳,其中C-Li键长,文中是根据其与共价键差不多,所以认为C-Li之间成键。
文献中没有做AIM ELF LOL等分析,我做一下这些分析,如果按照sob老师您说的,这些分析方法如何解释这个C-Li成键呢?
3) 2)中提到的C-Li成键形式和我给出的例子有什么区别呢?

CO3Li3 _AIM-ELF-LOL.png (248.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

CO3Li3+_AIM-ELF-LOL

CO3Li3+_AIM-ELF-LOL

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-5-20 02:38:35 | 只看该作者 Only view this author
1 用Multiwfn绘制填色图的时候应当让原子标签(符号+序号)显示在图上,要不然我不好判断原子的位置,而且图里有多个Al,也不清楚你说的是哪个Al。通过颜色不好分辨的话,都建议通过键级或者BCP的属性再进一步验证一下。

C-Ga那么说可以

2 这种体系从化学直觉上就知道是Li与O之间的离子键。键长已经反映了成键,从图上看,O上的电子基本还是处于CO3里孤对电子分布的特征,没有因为与Li形成共价作用而被显著极化。

3 我没时间看文章。明显C和Li没有成键。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

1

威望

957

eV
积分
1026

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-20 09:23:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-20 02:38
1 用Multiwfn绘制填色图的时候应当让原子标签(符号+序号)显示在图上,要不然我不好判断原子的位置,而且 ...

谢谢sob老师的回答\(^o^)/  您的建议,我在下一次提问的时候,一定把图做好,把原子标签都放上,以便观看。

我提供文献网址的意图,忘记和您说了,我不是想让您去看。我是想如果有其他小伙伴遇到类似的问题,可以去看一下文献,方便其他人查找文献。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 21:00 , Processed in 0.172791 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list