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[新手求助] 柔性扫描判断过渡态问题?

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老师柔性扫描过渡态是这样的结果是不是证明没有过渡态?

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发表于 Post on 2019-6-10 16:17:55 | 只看该作者 Only view this author
如果柔性扫描的变量设计合理,算是一个指征。当然如果变量设计的不合理,就没有意义。有时需要二维甚至更高维度的扫描才能更好的佐证没有过渡态。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-10 17:12:07 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-6-10 16:17
如果柔性扫描的变量设计合理,算是一个指征。当然如果变量设计的不合理,就没有意义。有时需要二维甚至更高 ...

好的,谢谢老师,柔性扫描出现了最高点,新的问题有出现了,用这个最高点作为初猜寻找过渡态发现两个分子逐渐远离?这是什么问题呀老师?

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发表于 Post on 2019-6-11 09:11:53 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-10 17:12
好的,谢谢老师,柔性扫描出现了最高点,新的问题有出现了,用这个最高点作为初猜寻找过渡态发现两个分子 ...

没有具体结构、细节、输出文件不好说。
确认计算级别合理,优化步长上限设小再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 09:36:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-11 09:11
没有具体结构、细节、输出文件不好说。
确认计算级别合理,优化步长上限设小再试

老师,这分别是我的扫描输出文件和最高点寻找TS输出文件,谢谢老师

柔性扫面输出文件.zip

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最高点寻TS输出文件.zip

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发表于 Post on 2019-6-11 10:22:59 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-11 09:36
老师,这分别是我的扫描输出文件和最高点寻找TS输出文件,谢谢老师

你先优化出成键后的结构,然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点,而且结构像TS,再用这个点优化TS
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 10:53:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-11 10:22
你先优化出成键后的结构,然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点,而且结构像TS,再用这个点优化 ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 18:31:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-11 10:22
你先优化出成键后的结构,然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点,而且结构像TS,再用这个点优化 ...

老师我可以把距离直接拉长1埃,然后进行+,-扫描吗?还是必须逐渐从0.1~1.0埃?

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发表于 Post on 2019-6-12 20:00:51 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-11 18:31
老师我可以把距离直接拉长1埃,然后进行+,-扫描吗?还是必须逐渐从0.1~1.0埃?

不理解你的意图,你那样做没什么益处
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-12 20:07:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-12 20:00
不理解你的意图,你那样做没什么益处

老师就是把范围扩大,看能不能找到最高点作为找过渡态的初猜结构

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发表于 Post on 2019-6-12 20:47:19 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-12 20:07
老师就是把范围扩大,看能不能找到最高点作为找过渡态的初猜结构

意义不明
从平衡结构开始扫呗,你的做法怎么就扩大了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-12 22:02:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-12 20:47
意义不明
从平衡结构开始扫呗,你的做法怎么就扩大了

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2025-6-9 21:10:27 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-6-10 16:17
如果柔性扫描的变量设计合理,算是一个指征。当然如果变量设计的不合理,就没有意义。有时需要二维甚至更高 ...

您好我想请教一下,怎样才是正确的二维或是三维扫描的设置,能否举个例子

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发表于 Post on 2025-6-10 10:14:29 | 只看该作者 Only view this author
雷鑫欣 发表于 2025-6-9 21:10
您好我想请教一下,怎样才是正确的二维或是三维扫描的设置,能否举个例子

ModRedundant把想扫描的都写一遍就行了,像这样:
  1. B 1 2 S 6 -0.10
  2. A 1 2 3 S 6 10.00
复制代码

现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2025-6-25 13:38:05 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-6-10 10:14
ModRedundant把想扫描的都写一遍就行了,像这样:

谢谢

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