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[综合交流] 如何对pdb文件原子进行替换

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公社的各位大神们,我现在正在做一个核酸的分子模拟,现在我们对核酸进行了修饰,将DNA的五碳糖环上的一个氢取代成了一个甲氧基来增加他的稳定性,那么如何在pdb文件中将对应的氢原子也替换成甲氧基呢?求解答

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发表于 Post on 2019-6-17 20:44:52 | 只看该作者 Only view this author
gview里进行结构修改,然后保存文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 20:49:22 | 只看该作者 Only view this author
sober大大,这个是不是高斯软件下的一个套件啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 20:55:16 | 只看该作者 Only view this author
还有,有没有其他软件可以啊,比如vmd这些

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发表于 Post on 2019-8-16 17:17:40 | 只看该作者 Only view this author
material studio应该也可以的吧

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发表于 Post on 2019-8-17 15:48:05 | 只看该作者 Only view this author
justin1140 发表于 2019-6-17 20:55
还有,有没有其他软件可以啊,比如vmd这些

VMD的结构编辑功能极弱
其它也有能编辑结构的,诸如avogadro、Chem3D、gabedit之类,但都没GaussView好用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-24 09:47:37 | 只看该作者 Only view this author
感觉模拟很难  用gaussview更改后的pdb文件输入到amber力场识别不出来  还要自己修改立场  头大

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