用隐式模型表示蛋白质内的环境及"液相"自由能?

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-6-30 19:29:41

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-6-30 19:34 编辑

我想效仿amber ff03来用隐式模型表示蛋白质内的环境，但在原文献里（A Point-Charge Force Field for Molecular Mechanics Simulations of Proteins Based on Condensed-Phase Quantum Mechanical Calculations）作者只说了他用eps=4.0，而没有说明如何定义epsinf，想问一下有推荐对于蛋白的epsinf么？是直接用水还是epsinf=1.9？
如果要算液相自由能的话，我们一般会算液相热矫正量+气象单点能+SMD溶解自由能，想问一下，如果要算类似蛋白相自由能的话，SMD溶解自由能这块怎么解决？是用SMD然后用水的参数，只修改eps，还是有什么推荐的方法？谢谢。

eagletyr · 发表于 Post on 2019-6-30 21:10:11

SMD, solvent=water, eps=4.0

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-30 21:28:27

amber03的时候还没有SMD。那文章重点应该是靠隐式溶剂模型很粗略地表现极性部分，非极性部分都不用考虑，直接用默认的IEFPCM设个eps就完了，都用不着SMD
“蛋白相的溶解自由能”这个说法就有问题。小分子和蛋白质相互作用严重依赖于蛋白的特征，结合到不同蛋白里结合能相差甚巨，算这个量没有实际意义。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-6-30 22:06:21

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-6-30 22:19 编辑

sobereva 发表于 2019-6-30 21:28
amber03的时候还没有SMD。那文章重点应该是靠隐式溶剂模型很粗略地表现极性部分，非极性部分都不用考虑，直 ...

谢谢sob老师的回复,我想算的不是小分子和蛋白结合的能量而是蛋白内部的结合能
蛋白里有TYR和GLU成氢键，我想算这个氢键在周围的特定氨基酸影响下自由能的区别。
因为TYR和GLU的氢键可以有两种形式，（GLU-H...TYR）和（GLU...H-TYR）,在真空中二者单点能差小于3kcal/mol,所以我想算（GLU-H...TYR）和（GLU...H-TYR）的『蛋白相』自由能，然后二者自由能差就是（GLU-H...TYR）/（GLU...H-TYR）的比例

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 09:41:36

靠溶剂模型来描述蛋白环境会很遭质疑，蛋白环境内部是严重偏离隐式溶剂模型对溶剂的均匀、各项同性假设的

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-7-1 19:01:32

sobereva 发表于 2019-7-1 09:41
靠溶剂模型来描述蛋白环境会很遭质疑，蛋白环境内部是严重偏离隐式溶剂模型对溶剂的均匀、各项同性假设的

谢谢 sob老师

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