请问.xyz文件中原本调整好的原子顺序在经过packmol之后为什么会变？

星球yxy · 发表于 Post on 2019-7-1 16:58:29

有时会出现这样的情况。为了在后续模拟中能够对原子键合参数进行设置，在xyz文件中就对石墨烯纳米孔内官能团原子的顺序进行了调整，但经过packmol之后生成的CFGEDT文件中顺序会变乱，需要手动调整很麻烦，并不是随机变乱，每一次序号发生变化的原子都一样，请问是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 19:02:53

CFGEDT是什么东西？
输入的pdb文件里的原子顺序是什么，packmol产生的结构文件里分子的原子顺序也是什么，并不会变

星球yxy · 发表于 Post on 2019-7-1 20:09:00

sobereva 发表于 2019-7-1 19:02
CFGEDT是什么东西？
输入的pdb文件里的原子顺序是什么，packmol产生的结构文件里分子的原子顺序也是什么， ...

好的，谢谢，CFGEDT文件是dlpoly程序的GUI编辑产生的文件，相当于CONFIG文件。packmol之后原子顺序没有变，应该是在使用GUI编辑之后变乱了。。谢谢您喔

shgpei · 发表于 Post on 2019-7-8 10:12:58

请问在xyz文件中就对石墨烯纳米孔内官能团原子的顺序进行了调整，是手动调整吗？有没有什么操作可以进行批量原子编号或顺序调整呢？

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