GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路

jqx_gromacs

q11pet28abl21 发表于 2023-5-23 14:21
楼主你好，感谢分享，请问我的输出结果是这样的，测试结果对比之前我使用 gmx mdrun -deffnm md -nb gpu -u ...

您好，本人小白，我直接运行了楼主的命令
bash gmxbench.sh -r 1 -g 0 -G "2 3" -a "-pin on"  -s 20000 -S 10000 XXX.tpr
报以下错误：
cp: cannot stat 'XXX.tpr': No such file or directory
gmxbench.sh: line 157: bc: command not found
0 test file generate completed
/home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*
gmxbench.sh: line 200: cd: /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
sh: 0: Can't open run.sh
#GPU #MPI #OMP  GPUTASK   ns/day WaitGPU_PME  PME_MESH WaitGPU_NB     Force Constraints
gmxbench.sh: line 211: cd: /home/gromacs/src/MET-S1/ex6/XXX/run*: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
grep: md.log: No such file or directory
gmxbench.sh: line 256: printf: *: invalid number
   0    0    1        0    0.000       NaN       NaN       NaN  
我猜测可能和缺少运行文件有关系，请问我还应添加什么运行文件呢？

ggdh

jqx_gromacs 发表于 2023-5-30 12:40
您好，本人小白，我直接运行了楼主的命令
bash gmxbench.sh -r 1 -g 0 -G "2 3" -a "-pin on"  -s 20000 ...

XXX.tpr 是指你需要测试的体系的某个系统的tpr文件。
这个文件需要你自己创建，XXX也应该替换成你体系的名称

mrtang

太有用了，感谢

JohnCase

你好, 这个测试脚本适用于2023.3版的gromacs适合不？刚好最近想测测最佳并行设置

user0203

提交作业未装sbatch系统，一般用gpu跑结果。但是官网只提供了单节点的作业提交方式“gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu”，请问对于多节点集群，如何指定gpu节点提交任务呢？在现有指令上需要添加什么参数？

xptracy

我的是7905x 4090  2023.1gpu版  在linux下 跑不满 只有30%    9万原子100ns要跑两天多， 老师用什么命令好