各位老师想问一下在做分子模拟时constraints的设置问题

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2019-8-9 16:28:28

在模拟密度，表面张力和黏度constraints项选择了all-bones，不知是否合理。是不是约束选择的问题不是很严格，h-bones只约束了与氢原子连接的键，而所有键都约束只是确保的分子内原子间键保持不变或者在一定范围内震动，而选择哪一个对于整体的性质没有影响，这样理解合理吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-10 07:50:28

没有特殊情况绝对不要用all-bonds
all-bonds不仅相当于人为施加了多余的约束，本身就增加了不合理性，而且常用力场大多都是对h-bonds的情况拟合的参数，根本没有理由用all-bonds。all-bonds也并不能带来明显的实际好处。我建议开发者当grompp发现用all-bonds的时候都给出个warning

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2019-8-10 13:01:02

sobereva 发表于 2019-8-10 07:50
没有特殊情况绝对不要用all-bonds
all-bonds不仅相当于人为施加了多余的约束，本身就增加了不合理性，而且 ...

sob老师，我在模拟时使用了all-bones但对结果也没产生不好的影响，我该如何解释为啥要选择这个约束呢，麻烦老师指点，导师提出的问题不知道怎么解释。

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-11 06:23:21

shanxitaiyuan 发表于 2019-8-10 13:01
sob老师，我在模拟时使用了all-bones但对结果也没产生不好的影响，我该如何解释为啥要选择这个约束呢，麻 ...

从结果上看通常确实看不出什么严重不好的影响，但你没有任何理由用这个，从原理上来说all-bonds也有害无益，何故用他？且不说你导师，审稿人看见了肯定也得让你解释，到时候就惨了，闹不好还得重算一些数据。关于这个问题我没什么可说的了。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-8-11 07:23:26

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-8-11 07:25 编辑

用all-bonds最大的不好影响就是会慢键长在一定范围内震动的话不用加constraint 加了constraint等于不让她振动了所以如果消去键长的运动的话对动能有影响

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 各位老师想问一下在做分子模拟时constraints的设置问题

浏览过的版块