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[GROMACS] gromacs做原子原子RDF时选mol_com和不选此语句时,峰高相差一倍

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请问下大家,我在做锂离子跟TFSI阴离子中的O原子之间的RDF时,使用了两种语句,一个没加-seltype mol_com,一个加了-seltype mol_com(感觉原子-原子RDF是不用加的,但是加了应该跟前者没差别吧),出来的图形状一样,但是,峰高要相差一倍,不很明白其中的原因,哪位大神可以帮忙解答一下啊,感谢感谢。

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发表于 Post on 2019-9-4 01:31:10 | 只看该作者 Only view this author
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-4 08:59:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

想请教一下sob老师用vmd怎么计算分子中苯环质心到另一原子的RDF,谢谢啦
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发表于 Post on 2019-9-5 01:23:44 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-9-4 08:59
想请教一下sob老师用vmd怎么计算分子中苯环质心到另一原子的RDF,谢谢啦

参考

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-5 09:05:18 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师这个是分子质心的RDF,有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢,谢谢您的回复~
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发表于 Post on 2019-9-5 10:05:27 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-9-5 09:05
Sob老师这个是分子质心的RDF,有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢,谢谢您的 ...

把苯环分子创建索引文件里,然后按图操作是否可行?

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发表于 Post on 2019-9-5 11:43:05 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-9-5 09:05
Sob老师这个是分子质心的RDF,有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢,谢谢您的 ...

按6L说的做
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-5 15:19:56 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-9-5 10:05
把苯环分子创建索引文件里,然后按图操作是否可行?

好的,我去试试,谢谢指点~
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发表于 Post on 2019-9-5 15:20:05 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师指点~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-5 17:11:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

感谢sob老师,已经按照您说的做完了~

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发表于 Post on 2021-1-9 23:01:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2021-1-9 23:25 编辑

请问老师,如果是各个分子或残基中苯环质心rdf该如何选择呢?各种分子或残基中的苯环可以通过原子名创建一个组,再用-seltype mol_com就可以了吗?

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发表于 Post on 2021-1-10 02:39:58 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2021-1-9 23:01
请问老师,如果是各个分子或残基中苯环质心rdf该如何选择呢?各种分子或残基中的苯环可以通过原子名创建 ...

有希望,可以试试
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